Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2010

Семестры Студенты Преподаватели

• 2024
• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017

• ...

К следующему занятию следует представить на сайте результаты пунктов 1-6 задания; отметка "сдано вовремя" будет проставлена в том случае, если на сайте будет ссылка на файл с выравниванием.

В отчете на сайте должно быть (к след. занятию):

• Описание выбранного домена:
  • AC
  • ID
  • функция
  • число разных доменных архитектур с этим доменом
  • число представителей по таксонам высшего порядка (царствам - если представлен в разных царствах)
  • ссылка на страницу домена в Pfam
• Выбранные доменные архитектуры; для каждой
  • число представителей
  • характеристика других доменов
• Ссылка на выравнивание
• Ссылка на таблицу Excel с описанием всех представителей домена и, на отдельной странице, выборки представителей

Обязательным является использование редактора выравниваний JalView. Сохранение - как "Project" (File => Save project в главном окне)

Задание: Для одного домена охарактеризовать эволюцию архитектуры белков, его включающих

А именно,

1. Выбрать домен
2. Выбрать две архитектуры, включающие этот домен
3. Выбрать сравниваемые таксоны
4. Выбрать не менее, чем по 15 представителей каждой из архитектур
5. Определить таксономию каждого представителя
6. Получить и, при необходимости, отредактировать совместное выравнивание последовательностей.

Читайте указания!

Продолжение. Примерный план на следующие занятия.

7. Сделать имена последовательностей говорящими (для дерева)
8. Построить филогенетическое дерево доменов. На листьях, кроме ID белка, должны быть отмечены таксоны и доменные архитектуры.
9. Высказать гипотезу об эволюции архитектур с выбранным доменом.
10. Проверка гипотезы:
    1. Создать выравнивание полноразмерных белков для представителей первой и для представителей второй архитектуры
    2. Создать профиль для каждой из архитектур
    3. С помощью профилей найти всех гомологов в сравниваемых таксонах (или более узких таксономических группах из этих таксонов)
    4. Построить выравнивание найденных гомологов, отредактировать его
    5. Сравнить выбранные домены из двух групп.