Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2010
Сокращения
РСА – рентгеноструктурный анализ
ЭП – электронная плотность
r = (x,y,z) – точка пространства с координатами x,y,z
Симметрия - движение пространства, переводящее набор молекул в себя. Движениями являются параллельный перенос, вращение вокруг оси и "скользящее вращение" - вращение вокруг оси с последующим параллельным переносом вдоль этой же оси.
Порядок проведения КР
Вариант будет включать по одному вопросу из каждого блока, итого, 5 вопросов. Числа, разумеется, могут быть изменены. Один из вопросов будет со звёздочкой.
Время - ориентировочно 30 мин.
Вопросы к контрольной
- Перечислить основные этапы определения структуры методом РСА.
Каким свойством характеризуется кристалл? [Ответ - в терминах симметрий]
Что такое элементарная ячейка кристалла (кристаллографическая ячейка)? [Ответ - в терминах симметрий]
Каким свойством обладает функция ЭП КРИСТАЛЛА ρкрист(r) (в отличие от функции ЭП ρпроизвольн(r) неупорядоченной системы молекул)? [Свойство следует написать в виде формулы]
- * Чем отличается кристаллографическая симметрия от некристаллографической симметрии структуры в кристаллографической ячейке?
- Известно, что каждый атом рассеивает рентгеновские лучи во всех направлениях. Почему сигнал от кристалла детектируется только в некоторых направлениях?
- Объясните, каким свойством наложения волн с одинаковой длиной определяются направления, в которых детектируется сигнал от кристалла в РСА эксперименте.
* Сформулируйте условия на единичный вектор σ в направлении от кристалла к точке на детекторе, в которой детектируется сигнал. [ Напишите условия на вектор σ, соответствующий рефлексу с индексами h=2, k=5, l=1]
Перечислите параметры одной гармоники при разложении функции в ряд Фурье.[Ответ можно дать на примере функции одного аргумента x]
- Какой набор гармоник ряда Фурье называется полным?
- Размер ячейки одномерного кристалла – 60 ангстрем. Каков период (расстояние между соседними максимумами) гармоники с номером 5?
- Размер ячейки одномерного кристалла – 30 ангстрем. Известен полный набор гармоник до номера 10 включительно. Чему равно разрешение и полнота для этого набора?
- * Размер ячейки одномерного кристалла – 30 ангстрем. Известны гармоники 3-7,9-30,60. Определите разрешение и полноту для этого набора.
- Какие параметры функции ЭП становятся известными в результате рентгеноструктурного эксперимента?
- В чем состоит фазовая проблема?
- Какие дополнительные данные необходимы для решения фазовой проблемы методом молекулярного замещения?
- * Перечислите основные методы решения фазовой проблемы.