Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2010

Экзамен будет состоять из двух частей, сдаваемых в произвольном порядке. Первая часть – алгоритмы работы с последовательностями, программу см. здесь. Про вторую часть – работы с пространственными струкутрами – ниже.

Критерии оценки

Часть I. РСА

Из 5 баллов. Засчитывается оценка по РСА из ведомости. Желающие улучшить оценку на экзамене получают вопросы из части I.

Часть II: понятия и алгоритмы

Из 5 баллов. Ответ на билет (см. ниже, часть II) плюс зачтенные умения и отчёт по оценке качества структуры. Досдать некоторые умения можно будет на экзамене устно.

Часть III. Журнальный клуб

Из 5 баллов. Засчитывается оценка за журнальный клуб из ведомости. Желающие улучшить оценку на экзамене получают дополнительные вопросы из части III.

Вопросы

Часть I: РСА - вопросы коллоквиума

см. список вопросов

Часть II: понятия и алгоритмы

Будут уточнения.

  1. Вторичная структура. Как детектируется. Алгоритмы. DSSP. Stride.
  2. Вторичная структура. Паттерны водородных связей в альфа-спиралях и бета листах. Карта бета-листа.
  3. Кластеры неполярных атомов. Гидрофобное ядро белка. Алгоритм Свинделлса (Swindells). Алгоритм (k,l)-разрезов, сервис CluD.
  4. Три определения доменов белка. Примеры белков, для которых разные определения дают разные ответы.
  5. Структурные домены. Основания для их выделения. Основные принципы алгоритмов DOMAK и DETECTIVE.
  6. Поверхность макромолекулы. Для каких задач нужна. Поверхность, доступная для растворителя. Сравнение с ван-дер-ваальсовой поверхностью. Молекулярная поверхность (поверхность Коннолли).
  7. Площадь поверхности контакта: для каких задач нужна, как рассчитывается. Расчет экспонированности аминокислотного остатка в структуре белка. Особенности экспонированности в среднем разных остатков.
  8. Структурные классификации. SCOP. Уровни. Основные классы. Различие классов α/β и α+β. CATH. Уровни. Топология и архитектура. Сравнение SCOP и CATH. Структурные мотивы в белках. Примеры.

  9. Пространственное выравнивание. Формулировки задачи пространственного выравнивания. Меры сходства для разных задач. Алгоритм Сиппла – Стегбухнера (Sippl&Stegbuchner) (наложение структур при наличии выравнивания последовательностей). Соотношение между консервативностью структур и консервативностью последовательностей белков.

  10. Пространственное выравнивание. Алгоритм Dali или PDBeFold (SSM) - основные идеи.

Часть III: вопросы журнального клуба

Рефераты выложены на диске Р (/home/export/samba/public на kodomo)

Будут изменения (без увеличения списка)