2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Указания к заданию 6
Как пользоваться поиском на сайте PDB
В левом верхнем углу заглавной страницы PDB найдите гиперссылку "Advanced" (белым по голубому) и пройдите по ней. Далее в меню "Choose a Query Type" выбираете нужный тип поиска (например "Experimеntal method" или "Number of Chains (Assymetric Unit)") и задаёте условия. Затем можно нажать на "Add Search Criteria" и добавить другие условия. Когда все условия заданы, нажимаете кнопку "Submit Query".
Как скачать биологическую единицу с сайта PDB
На странице записи PDB в правом верхнем углу есть меню "Download Files". Нижний пункт этого меню предлагает скачать "Biological Assembly". Перед использованием его нужно распаковать (это умеет делать, например, Far Manager в компьютерных классах или программа gunzip на kodomo).
Как работать с отдельными моделями в многомодельной PDB-структуре
Когда PyMOL открывает многомодельный файл, он по умолчанию размещает все модели в один объект, но в разные его "состояния" (frames или states). Чтобы разместить модели в виде отдельных объектов, используется команда split_states. Как всегда, о том, как пользоваться командой, можно узнать прямо в PyMOL, набрав
split_states ?
или в Интернете, например в PyMOL Wiki.
После разделения на объекты ими можно пользоваться обычным образом.