2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
2016
Занятие 3
Срок выполнения – 30 октября 2013.
Добавьте в таблицу сведения о разрешении своей структуры и полноте данных.
Постройте изображение электронной плотности вокруг трёх аминокислотных остатков, различных по типу (триптофан, лизин, аланин, например) в структуре своего белка. Используйте 2-3 уровня подрезки электронной плотности, чтобы оценить качество модели пространственной структуры, представленной в PDB файле. Изображения добавьте в файл Name_skills.docx. Снабдите изображения подписями и комментариями. Комментарии должны включать заключение о соответствии координат атомов сгущениям электронной плотности.
Файлы с электронной плотностью берутся на сайте EDS. Сайт работает, но для некоторых ваших структур там нет данных (см. столбец EDS в таблице), в этом случае структуру придётся взять другую. В той же таблице на листе EDS есть список PDB-кодов, для которых данные по электронной плотности на сайте EDS точно есть. Если вам не повезло и для вашей структуры недоступна электронная плотность, выберите одну из структур с этого листа и замените, пожалуйста, все данные в таблице. Приносим свои извинения за накладку, но это не так много работы, а хочется, чтобы по изучаемой вами структуре присутствовали все основные технические характеристики.
Подсказки по получению электронной плотности и работе с ней см. здесь.