Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2010
Задание 1
- Выберите две разных функции самостоятельно. Первую функцию рекомендую выбрать как сумму 4-6 гауссовых, причем 2-3 гауссовых кривых с небольшим максимумом - порядка 10, остальные - с большим - порядка 30-40. Во второй функции замените "низкие" гауссианы первой на "высокие" и наоборот. Это поможет вам оценить на какую - первую или вторую функцию, - больше похожа функция, восстановленная по комбинированным коэффициентам Фурье (амплитуды - от первой, фазы - от второй). Возможны и другие варианты на ваше усмотрение.
Можно использовать скрипт combine.py, вставив вместо многоточий описания функций так, как это было описано ранее для параметра -g скрипта compile-func.py.
Скрипт combine.py состоит в вызове поочередно скриптов для построения, фильтрации, реконструкции и визуализации для двух заданных вами функций. Для продолжения его работы следует закрывать графические окна.
Нужный для дальнейшего результат - файлы funcF_ft_filtered.txt и funcPhi_ft_filtered.txt, в каждом - по 30 первых коэффициентов Фурье для первой и второй функции соответственно.
Создайте файл combine.txt с амплитудами из funcF_ft_filtered.txt и фазами из funcPhi_ft_filtered.txt.
Используйте скрипт combine-show.py для восстановления функции по коэффициентам Фурье из combine.txt и сравнения их с исходными функциями.
- В протоколе должны быть рисунки с графиками
- 1й функции,
- 2й функции,
- восстановленной и 1й,
- восстановленной и 2й
а также выводы.
Задание 2
Я проверил примеры, и обнаружил, что восстановление по экспериментальным амплитудам и фазам из похожей модели проходит не очень гладко при наших упрощениях (одномерный случай, несколько "атомов").
Этап подгонки положения модели в "ячейке" (т.е. на оси X) снят.
Предлагаю использовать скрипт mol-replacement.py', которому на вход подается файл с вариантом 'variantn.txt, n=1,2,...7.
Выход - два рисунка с графиками.
На первом рис. показаны графики (i) результат синтеза Фурье (т.е. восстановления функции по коэффициентам Фурье) для амплитуд Fexp из файла 'variantn.txt и фаз из модели (эти фазы рассчитываются скриптом) - сплошная линия; (ii) функция ЭП модели, описанная в том же файле 'variantn.txt в первой строке.
На втором рис. - (i) результат синтеза Фурье (т.е. восстановления функции по коэффициентам Фурье) для амплитуд 2*Fexp - Fmod и фаз из модели (Fmod и фазы рассчитываются скриптом) - сплошная линия; (ii) функция ЭП модели, описанная в том же файле 'variantn.txt` в первой строке.
Ваша задача - указать в протоколе координаты "атомов"для которых приведены амплитуды в файле 'variantn.txt`.
Подсказка. В каждом варианте было 6 "атомов".
Комментарий. Оценивается не ответ (могут быть трудности получения точного ответа), а ваши комментарии в протоколе. Цель задания - убедиться воочию, что таким образом восстановленная функция ЭП не точна. Значит, необходим этап оптимизации структуры.