#

Тема

Статьи

Студент

Тема утверждена

Реферат

Доклад/оппонирование (дата)

Оппонент

1

FoldIt - игра или новый метод получения моделей белков?

Eiben_2012(foldit).pdf, Gilski_2011(foldit).pdf, Khatib_2011(foldit).pdf, Cooper_2010(foldit).pdf

Муравьёва

да

10 дек

Абдуллаев

2

ААл: Чем отличаются структуры разных изоформ одного и того же белка в результате альтернативного сплайсинга?

Hegyi_2011 (alt-vs-domain).pdf

Цепкова

18 дек 11:30

Абдуллаев

3

ЕА, ААл: Возможности криоэлектронной микроскопии (CryoEM) в определении структуры белка. Этапы расшифровки.

Esquivel-Rodriguez_2013 (cryoEM_reconstruction).pdf, Zhao_2013(HIV-capsid_cryo).pdf

Кондратьев

да

3 дек

Захаров

4

ЕА:Как изменяется структура белка в процессе эволюции? Какие перестройки изменяют укладку?

Grishin_2001(FoldEvolution).pdf

Гаранина

да

18 дек 11:30

Гараева

5

ААл: Гибкое выравнивание структур белков: зачем нужно, какие подходы реализованы, сравнение результатов

Ye_2005(POSA).pdf, Ye_2004(FATCAT).pdf

Абдуллаев

6

ЕА: Реалистично ли предсказывать по последовательности не только вторичную структуру, но топологию бета-листов?

Savojardo_2013 (SheetsPredictionFromSeq).pdf

Захаров

да

17 дек

Абашкин

7

CASP: лучшие результаты на 2013г.

Kryshtafovych_2013(CASP).pdf, Kryshtafovych_2011(CASP).pdf, Taylor_2013(CASP).pdf

Абашкин

без доклада

8

Rosetta@home – метод построения моделей структуры по последовательности

Rohl_2004(Rosetta).pdf, diMajo_2013(Rosetta).pdf

Гараева

да

зачтено

3 дек

Гаранина

9

ААл: Как создать белок, не встречающийся в природе?

Kuhlman_2003 (artificialprotein).pdf, Havranek_2010 (artificialProt).pdf

Акулич

да

Переписать. ЕА

4 дек

Тахавеев

10

ААл: PDB: прошлое и будущее.

Berman_2013(PDB-history).pdf, Berman_2013(PDB).pdf

Тахавеев

да

получен

11 дек, 12-14 час

Кондратьев

11

ААл: Структура белка 4 млрд лет тому назад

Ingles-Pieto_2013 (3d-4billions-years).pdf

Иванова

да

Нов. версия

10 дек

Васетенков

12

ААл: Как расшифровывается структура большого комплекса субъединиц? Что дает расшифровка для понимания механизма деградации РНК?

Makino_2013(exosome).pdf

Андреянова

да

Переписать. ЕА

3 дек

Муравёва

13

ААл: Предсказание аллостерических сайтов в структурах белков: метод, результаты и тестирование сервера

Huang_2013 (allost-sites_prediction).pdf

О. Шадрина

да

17 дек

Залевский

14

ЕА: Особенности структуры бета-структурных белков, препятствующие их аггрегации и образованию амилоидов.

Richardson_2001 (beta-avoid-aggregation).pdf

Шарапова

да

4 дек

Зотова

15

ЕА: Какие укладки были у белков LUCA?

Ranea_2006 (LUCA-3D-proteins).pdf

А. Васетенков

да

18 дек 11:30

Шехирева

16

ЕА: Предсказание субстратной специфичности по структуре.

Amin_2013 (SubstrateSpecificity).pdf

Зотова

да

17

ЕА: Метод поиска бета-листов со слабым сходством последовательностей (http://betasearch.kianho.net/) . Осмысленны ли результаты поиска?

Ho_2012(BetaSearch).pdf

18

Циклические перестановки в структурах белков

Xu_2011(circular-perm).pdf, Grishin_2001(FoldEvolution).pdf

Гущина

да

18 дек 11:30

19

Неструктурированные белки: их классификация, зачем и почему существуют, длина и особенности последовательности

Tompa_2012(unstruct).pdf

Балакирева

да

получен

4 дек

Лунёва

20

Какое число мутаций может кардинально изменить укладку белка?

Alexander-2009 (mutations-changes-fold).pdf

Шехирева

да

Получен.

4 дек

Васетенков

21

Бывают ли в природе гомологичные (судя по сходству последовательностей) белки, имеющие существенно разные структуры?

Grishin_2001(FoldEvolution).pdf

Просим пока не выбирать эту тему, она сильно пересекается с темой 4. Возможно, здесь мы что-то заменим.

22

Бывает ли сходство участков поверхностей белков с разной укладкой?

Liang_2009(surface-compar).pdf, Liang_2009(shape).pdf

Мансурходжаев

да

Нов. версия

11 дек, 12-14 час

Цепкова

23

FoldIt: правила игры (http://fold.it/portal/) . Пример.

Pubmed: "foldit"

Дворкина

да

10 дек

Абашкин

24

Велико ли разнообразие укладок белков?

Andreeva(UnusualFolds).pdf

Лунёва

да

17 дек

Шехирева

25

Предсказание пространственной структуры РНК

Dokholyan_2013(3dRNA).pdf, Zhao_2013(3dRNA).pdf

Залевский

да

11 дек, 12-14 час

Зотова