Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2011

Семестры Студенты Преподаватели

• 2024
• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017

• ...

Редактор выравниваний JalView

• Как открыть Jalview через web:....

http://www.jalview.org/download.html => Start with Java web start

• Доступ к документации: F1 или на сайте

• Как открыть выравнивание

  • Меню File позволяет загрузить выравнивание или последовательность, добавить последовательность или выравнивание к уже существующему, из

    • файла на локальном компьютере
    • файла на удаленном компьютере через URL

    • файла из базы данных, указав ID (Fetch)

• Способы раскраски выравнивания

  • Color

    • Выбираете один из способов раскраски:
      • BLOSUM62 - с учетом функциональных групп остатков (точнее - матрицы весов замен)
      • ClustalX - специальная схема раскраски аминокислотных остатков (проще разобраться самому кого - в какой цвет - сообразить почему)
      • Другие

  • Еще раз Color => By conservation

    • Подбираете интересующую вас степень консервативности, при которой сохраняется выделение

• Как перевыровнять выравнивание

  • Web service => Alignment

    • Выбрать одну из программ и запустить
    • Результат появится в новом окне

• Как сохранить результат

  • Сохранение одного выравнивания:

    • File => Save as

    • Выбрать имя и формат выравнивания (msf, fasta или др.)

  • Сохранение проекта, т.е. текущего состояния всех окон и настроек

    • File => Save project в Главном окне

  • Одно выравнивание можно также отправить в текстовое окно (Edit =>Output to textbox) в любом формате, и оттуда - скопировать.

• Переключение режимов "мышь" <=> "стрелки":

  • F2

  • По умолчанию стоит режим "мышь"

  • Признак режима "стрелки" - черный курсор, слушающийся стрелок.

• Навигация

  • Перемещение видимой области, выделенной красным прямоугольником, в Окне Overview Window (в любом режиме)

  • Вызов окна "Overview Window": меню View => Overview window

  • В режиме "стрелки" можно переместить курсор в заданную позицию выравнивания. Примеры:

    • Переместить курсор в 12-ю последовательность - на клавиатуре набрать 12s

    • Переместить курсор в 201-ю колонку - на клавиатуре набрать 201с

    • Переместить курсор в 27-й остаток текущей последовательности - на клавиатуре набрать 27p

    • Переместить курсор в 10-ю колонку 7-й строки - на клавиатуре набрать 10,7 [Enter]

• Группа в jalview:

  • обычно - блок, т.е. прямоугольник в выравнивании: пересечение участка от-до колонок с участком от-до по списку последовательностей
  • можно определить группу из любого набора последовательностей целиком
  • то же верно для столбцов
  • одновременно можно определить любое число групп
  • группы не могут пересекаться
    • при попытке создать группу, пересекающуюся с предыдущей, в новую группу входят только те остатки, которые не вошли в ранее определенные группы

    • не уверен, что так стоит делать

• Как создать группу

  • Выделить прямоугольник, или группу последовательностей, или группу столбцов

    • В режиме мышь - курсором (выделенное обводится красной пунктирной линией)

    • В режиме стрелки - левый верхний угол отмечается клавишей Q, правый нижний - клавишей M

  • При курсоре на выделении - правая кнопка миши => Selection => Group и дать имя группе

  • Группу можно выделить на фоне выравнивания разными способами: правая кнопка миши => Selection и далее по смыслу

  • Группу/выделение можно скопировать и вставить в отдельное окно:

    • через меню Edit => cut, Edit => paste или

    • правая кнопка миши => Selection => Output to text box

• Как представить группу одной последовательностью

• Изменение порядка последовательностей

  • Только в режиме "мышь": выделите последовательности, которые хотите переместить, и используйте стрелки вверх и вниз

• Как спрятать некоторые последовательности и/или столбцы

• Как редактировать выравнивание

  • Одну последовательность

    • В режиме "стрелки": [Shift]+ левая кнопка мыши позволяет сдвигать все, что справа от курсора, в обе стороны; налево можно двигать только, если есть место, т.е. символ гэпа

  • Группу или выделение

    • В режиме стрелки - [Ctrl] + левая кнопка мыши сдвигает все, что справа от курсора, в обе стороны 'в пределах группы/выделения'

  • Перемещение выделенных последовательностей целиком

    • В режиме курсор - стрелки направо - налево; вверх и вниз - перемещают сами последовательности

• Как разметить выравнивание

  • Нижняя панель окна служит для строк разметки
  • По умолчанию показываются три разметки:

    • Conservation - оценка консервативности колонки

    • Quality - качество колонки, зависящее от суммы весов замен по матрице BLOSUM62

    • Consensus - наиболее частая буква в данной колонке (с указанием ее процента)

  • Создание новой строки разметки:
    • Курсор - в левой части нижней панели:

      • правая кнопка мыши => Add new row и указать название и описание разметки

  • Внесение информации в строку разметки:
    • Выделите нужные колонки
    • Курсор - на появившуюся цветную полоску в строке разметки:

      • правая кнопка мыши => Label и ввести нужные символы или слово

      • Для элементов вторичной структуры в меню есть стандартные разметки Helix и Sheet

      • Удаление информации - из того же меню => Remove Annotation

• Раскраска "особенностей" (features) в одной или нескольких последовательностях

  • Как определить фрагмент одной или нескольких последовательностей для отображения особенности
    • Выделить блок выравнивания

    • правая кнопка мыши => Selection => Create sequence feature

    • В меню указываете название, описание особенности и цвет для выделения
  • Как изменить способ отображения особенности

    • Veiw => Feature settings и редактируете по смыслу; можно убрать галочку, тогда данная особенность перестанет отображаться

  • Замечания
    • Особенность всегда связана с заданными остатками в последовательности; значит, при перемещении последовательности отметка об особенности (цвет, всплывающее сообщение) тоже перемещается
    • Можно импортировать особенности в данной последовательности из баз данных:

      • Veiw => Feature settings => DAS setting (описание будет дано

своевременно, или несколько позже )

• Как удалить особенность навсегда я пока не знаю (ААл)

• Как добавить 3D структуру (если есть), связать с последовательностью и показать в Jmol (вроде Rasmol)

  • Связать структуру с последовательностью:
    • Курсор - на имя последовательности

      • правая кнопка мыши => Structure => Associate structure with sequence => Enter PDB ID и указываете PDB код

      • Вариант: выбираете Frol file и указываете файл

  • Показать структуру:
    • Курсор - на имя последовательности

      • правая кнопка мыши => Structure => View structure; появляется окно Jmol со структурой

  • Как управлять Jmol:
    • На фоне окна Jmol:

      • правая кнопка мыши => Console; появляется командная строка

      • В командной строке работают все команды Rasmol
  • Замечания
    • Соответствие последовательности и структуры контролирует пользователь! Jmol строит выравнивание последовательности из структуры и указанной,и, если сочтет сходство достаточным, установит соответствие между буквами и остатками в структуре; при указании неправильной структуры может получиться ерунда!
    • Раскраска последовательности отображается на структуре, но не наоборот

• Поиск

  • Select => Find

  • Внимание! Поиск ведется как по названиям последовательностей, так и по самим последовательностям.

  • Можно использовать регулярные выражения в соответствии с таблицей: