2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Создать описание команды infoseq биоинформатического пакета EMBOSS с примерами использования.
Для этого надо изучить (вспомнить) минимальный набор команд bash (в linux), входные/выходные потоки и операторы перенаправления потоков.
1. Откройте терминал linux.
В Windows: Запустите Putty и зайдите на сервер kodomo (см. занятие 3 прошлого блока).
В Linux: Alt-F2, в открывшемся окне наберите gnome-terminal
Все задания выполняйте в открывшемся окне терминала.
2. Создайте директорию Pr1.
Командой mkdir в своей домашней директории создайте директорию Term2, в ней - директорию Block1, в ней - директорию Practices, в ней - директорию Pr1.
Для выполнения заданий перейдите в директорию Pr1 (т.е. сделайте ее текущей). Воспользуйтесь командами ls, cd, mkdir.
3. Получите информацию о своем белке.
Команда infoseq sw:rs3_ecoli выдает на терминал информацию о записи RS3_ECOLI банка SwissProt. Запишите информацию о вашем белке в файл с именем 'ID_вашего_белка'.info.
4. Запишите информацию о программе infoseq в файл.
Команда infoseq -help выдает на терминал информацию о программе "infoseq". Помните, что на терминал выдаются как stdout, так и stderr.
5. Используя "*" в имени последовательности найдите такие же белки в других видах рода Bacillus.
"Пояснение." В идентификаторе RS3_BACSU код белка R53, а код вида: BACSU образован из BACillus SUbtilis. Если нет находок, или, наоборот, их слишком много, придумайте другие варианты использования "*". Желательно, чтобы число строк в ответе было не более 10-20. В крайнем случае, можно взять приведенный пример.
6. Повторите команду из предыдущего задания, используя разные опции изменения выдачи результата.
7. Создайте описание infoseq и ее параметров.
См. "Оформление результатов" ниже
Дополнительные задания по bash:
8.(*) Найдите у себя файл имя которого содержит "bash_history".
C помощью команды find найдите у себя файл, содержащий в своем имени строку "bash_history". Подсказки: Искать нужно не в рабочей директории (что find делает по умолчанию), а во всей вашей домашней директории. Используйте маски поиска "*" и не забывайте, что маски предназаначены для find, а не для bash, поэтому их надо защитить от bash. Что содержит в себе этот файл, и почему его не показывает ls? Изучите описание команды ls (man ls) и заставьте её показывать все файлы.
9.(*) Найдите у себя файл с пробелом в имени.
Воспользуйтесь командой find. Если не нашли у себя (Вам повезло) поищите у всех однокурснков. Переименуйте так, чтобы не было пробела командой mv. (Если файл не Ваш – скопируйте себе и переименуйте).
Оформление результатов
Создать страницу "Описания программ" на своем сайте. Ссылка на неё - из разделов "Проекты" и со страницы второго семестра, которую тоже надо создать.
На странице должно быть два раздела: "bash" и "EMBOSS".
В разделе "bash" - перечисление потоков и операторов перенаправления потоков с краткими объяснениями и, желательно, примерами использования; перечисление спецсимволов, которые вы освоили.
В разделе "EMBOSS" описание команды infoseq с перечислением разделов опций программы и тех опций, которые вы сумели разобрать. Примеры обязательны.