Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2011

Задание 3. Поисковые системы

В директории .../Pr3 создайте файл для протоколирования текущих результатов. Итоговые результаты нужно оформить на вашей html странице

1. С помощью SRS найдите ваш белок в банке SwissProt и опишите не менее трех "особенностей" (features) в его аминокислотной последовательности

Составленные описания должны быть представлены на сайте.

2. Получите и сохраните описание всех записей банка трехмерных структур PDB, относящихся к вашему белку

Список структур должны быть представлен на сайте (если всего одна структура, то укажите её).

3. Найдите полноразмерные белки из Firmicutes, выполняющие функцию, сходную с функцией вашего белка

В отчете на html странице должна быть заполненная Таблица 3-1.

4. Сохраните полноразмерные последовательности найденных белков в fasta формате

На вашей html странице поставьте ссылку на полученный файл с последовательностями. Он потребуется в следующих блоках.

5. Сохраните список последовательностей из задания 4, в котором указаны ID, AC последовательностей, организм (Species), название белка (Description) и длина последовательности

На вашей html странице поставьте ссылку на полученный файл.

Дополнительные задания

(за хорошие премиальные баллы каждое :) )

6. Опишите изменения, произошедшие с записью вашего белка от первого ее появления в банке Uniprot до последней версии

7.Найдите и изучите страницу с описанием поля "Taxonomy" банка Swissprot

8. Опишите особенности сервиса MRS по сравнению с SRS

Впечатления опишите на вашей html странице

9. Найдите записи SwissProt , связанные с научными интересами известного российского (советского)биолога А.А.Нейфаха

Приведите запрос и таблицу Excel на вашей html странице.

10. Опишите несколько наиболее существенных отличий в формате записи вашего белка в БД Proteins на сайте NCBI от формата Uniprot

Комментарии об Entrez и различиях в форматах поместите на вашей html странице.