2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Занятие 5. Дополнительные задания
1. Для последовательностей из задания 1 создайте матрицу, в ячейке которой стоит вес замены соответствующих остатков в строке и столбце
Веса берутся из матрица весов заменBLOSUM62
- Матрицу можно создать либо с помощью функций Excel, либо написав небольшую программу; если захотите заполнять матрицу вручную, то имейте ввиду, что в ней 20x20=400 ячеек))
2. Сравните выравнивания последовательностей из задания 4, построенные с разными параметрами программы bl2seq
- Попробуйте поменять матрицу или штрафы за гэпы (для этого на странице сервиса надо щёлкнуть по "Algorithm parameters").
Сравнивают два разных выравнивания одних и тех же последовательностей так: столбцы из двух выравниваний согласованы, если в них одни и те же буква (не только по названию остатка, но и по номерам в последовательностях!). Число (или процент) согласованных столбцов двух выравниваний относительно числа столбцов в каждом из выравниваний характеризуют насколько одинаковы два выравнивания.
- Опишите результаты в протоколе.
3. Импортируйте последовательности, которые Вы выравнивали в обязательном упражнении 4, в GeneDoc. Попробуйте вручную воспроизвести выравнивание, полученное программой bl2seq.
Поскольку программа выдала одно или несколько частичных выравниваний, а вам нужно сделать полное, можно против всех остатков, не вошедших в частичные выравнивания, поставить гэпы. Ну а можно попытаться найти что-нибудь разумное и вне выданных выравниваний.