2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Занятие 6. Пакет EMBOSS. Программы парного выравнивания
Ваша рабочая директория — H:\Term2\Block2\Pr6.
Результаты следует представить на html странице своего сайта
Обязательные задания
1.
Посчитайте вес выравнивания, полученного в упр.1 предыдущего занятия, используя матрицу BLOSUM62, штраф за открытие пробела 12 и штраф за удлинение пробела 2. В отчёт поместите таблицу из трёх строк: 1) первая строка выравнивания; 2) вторая строка выравнивания; 3) веса позиций выравнивания.
2.
Создайте программой stretcher оптимальное выравнивание тех же последовательностей (замечание: по умолчанию программа stretcher использует те же параметры: матрица BLOSUM62, штрафы 12 и 2). Совпало ли выравнивание с построенным вами? Сравните веса выравниваний: посчитанный вами и выданный программой.
3.
Создайте программами needle и water полное и частичное выравнивания последовательностей вашего белка и родственного белка (при параметрах по умолчанию). Укажите в отчёте:
- какие участки последовательностей (от–до) вошли в частичное выравнивание;
- совпадает ли локальное выравнивание с "ограничением" глобального на эти участки? Если нет, то приведите пример(ы) несовпадений (в одном выравнивании такой-то букве первой последовательности соответствует такая-то второй, а в другом...);
- какое из выравниваний имеет больший вес? Может ли вес оптимального глобального выравнивания быть больше веса оптимального локального выравнивания (при тех же параметрах?) Почему?
Cм. указания