2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Занятие 7
Дополнительные задания
1. Дополните страницу описаний программ, раздел "пакет EMBOSS"
Новые программы - seqret (очень полезная!), matcher, stretcher, needle, water
2
Поменяйте в BLAST какие-либо параметры (гиперссылка "Algorithm parameters") и повторите один из поисков, проделанных при выполнении обязательных упражнений.
3
Для одной из находок (при одном из поисков), для которой E-value оказалось больше 1, подумайте, является ли она всё же гомологом исходного белка? (Естественно, "подумать" может включать анализ выдачи BLAST и других программ.) Если ответ не очевиден, попробуйте привести аргументы за и против.
4
Попробуйте другие интерфейсы к программе BLAST: на сайте EBI: http://www.ebi.ac.uk/Tools/sss/ncbiblast/ и на сайте Expasy: http://www.expasy.ch/tools/blast/. Опишите достоинства и недостатки каждого интерфейса, которые обратили на себя ваше внимание.