Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2011

Запуск внешних программ. Списочные сокращения.

/!\

Напоминаем, что задание должно быть выполнено в репозитории. Несоблюдение этого требования карается штрафом в 0.5 балла.

/!\

1. (1 балл) Дан файл с выравниванием белковых последовательностей в формате PHYLIP. Напишите программу, которая принимает на вход имя такого файла и, используя программу protdist из пакета phylip, создает матрицу попарных расстояний между последовательностями. Как вы знаете, программам этого пакета все входные параметры передаются интерактивно, то есть через STDIN. Передайте их в STDIN подпроцесса в качестве строки, при этом имейте в виду, что эта строка может выглядеть немного по-разному в зависимости от наличия или отсутствия в текущей директории файла outfile).