2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Подсказки к практикуму 8
Задание №1
Стандартный способ выбрать гомологи белка - использовать PSI-BLAST. Выясните, к какому организму принадлежит выданный белок.
Если это прокариотический организм, то исключите при поиске PSI-BLAST белки из того же филума, к которому принадлежит эта бактерия или архея. Соответствие между прокариотическим организмом и его таксономией можно найти, например, в этой таблице (данные извлечены из база данных NCBI Taxonomy для всех прокариотических организмов с полными геномами из релиза RefSeq57).
Если это эукариотический организм, то исключите при поиске PSI-BLAST белки из того типа, которому он принадлежит (например, если белок человеческий - исключите Хордовых, если белок из муравья - исключите Членистоногих. Названия соответствующих таксонов можно посмотреть в Википедии или поискав название организма в базе данных NCBI Taxonomy.
Проведите несколько итераций PSI-BLAST (с разумным e-value ~ 1e-5 - 1e-10 и увеличенным хотя бы до 500-1000 максимальным количеством хитов), выделите все найденные последовательности и получите по ним выдачу GenBank (ссылка GenPept прямо под графическим изображением хитов). Щелкните справа в окошке на "Tree" и посмотрите, к каким таксономическим группам организмов принадлежат хиты. Отберите из каждой группы высокого порядка по одному или по несколько хитов, так чтобы суммарно получилось 10-20 белков.