2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Цель проекта: реконструировать эволюцию доменной архитектуры белков, содержащих один и тот же домен Pfam
Домены как единицы непрерывной эволюции белков
Под непрерывной эволюцией будем понимать эволюцию последовательности, происходящую в силу незначительных изменений аминокислотной последовательности от поколения к поколению (и последующего отбора).
Эволюционные домены – это единицы непрерывной эволюции белков.
Домены эволюционируют в составе белков, в том числе, однодоменных.
Молекулярная филогения позволяет (до некоторой степени) восстановить непрерывную эволюцию домена.
В эволюции доменов происходят редкие события. А именно,
- дупликации гена, следовательно, белка
- пропажа гена, следовательно, белка
- рекомбинация ДНК или иные события или мутации, приводящие к изменению доменного состава белка
Наша цель – попытаться реконструировать эволюцию доменной архитектуры выбранного домена
Филогения последовательностей домена позволяет реконструировать (с определенной точностью) родственные отношения между ними
- Доменная архитектура белков в сравнении с филогенетическим деревом домена позволяет предположить в каких узлах произошло изменение архитектуры
- Филогения видов, из которых получены белки, позволяет определить какие пары ветвей белков с одинаковой доменной архитектурой паралогичны, т.е. встречаются одновременно в одних и тех же видах