2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Практикум 9
Результаты следует представить на сайте до 16 апр (вкл.).
Задания
- Выбрать домен. Описать доменные архитектуры белков, содержащих домен.
- Выбрать две-три архитектуры, включающие этот домен
- Выбрать таксон и несколько его подтаксонов для сравнения
- Выбрать не менее, чем по 15 представителей каждой из архитектур
- Определить таксономию каждого представителя
- Получить и, при необходимости, отредактировать совместное выравнивание последовательностей домена.
В отчете на сайте должно быть (к след. занятию):
- Описание выбранного домена из Pfam:
- AC
- ID
- функция домена
- ссылка на страницу домена в Pfam
- Таблица или список разных доменных архитектур с этим доменом и указанием числа последовательностей (можно поставить ссылку на соответствующую страницу Pfam)
- Описание выбранных доменных архитектур; для каждой
- число представителей
- характеристика других доменов
- Описание выбранного таксона и его подтаксонов
- Ссылка на таблицу Excel с описанием всех представителей домена и, на отдельной странице, выборки представителей с указанием доменной архитектуры и подтаксона.
Выравнивание последовательностей домена, разбитое на группы по доменным архитектурам и раскрашенное по консервативности внутри групп. Обязательным является использование редактора выравниваний JalView. Сохранение - как "Project" (File => Save project в главном окне)
- Обоснование правильности выравнивания