Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2011

Экзамен состоять из двух частей, сдаваемых в произвольном порядке.

Критерии оценки

Оценка равна округлению среднего арифметического за алгоритмы и за 3D.

Оценка за 3D равна среднему арифметическому трех оценок. Проставляется с точностью до десятых.

Часть I. РСА

Из 5 баллов. Засчитывается оценка за коллоквиум, см. в ведомости. Не имеющие оценки или желающие её улучшить на экзамене получают вопросы из части I.

Часть II. Журнальный клуб

Из 5 баллов. Засчитывается оценка из ведомости за доклад и реферат.

Часть III: Ответ на экзамене

Из 5 баллов. Ответ на билет (см. ниже) плюс зачтенные умения и отчёт по оценке качества структуры. Если что-то не сдано, то получаете соответствующее задание на экзамене.

  1. Водородные связи и вторичная структура белков. Алгоритмы DSSP и Stride.
  2. Постановки задач совмещение структур. Меры сходства. Алгоритм Сиппла – Стегбухнера
  3. Алгоритм совмещения PDBeFold.
  4. Кластеры неполярных атомов.Гидрофобное ядро. Алгоритм Свинделлса. Алгоритм (k,l)-разрезов.
  5. Домены, определения. Структурные домены, основные характеристики.
  6. Структурные домены. Алгоритмы DOMAK и DETECTIVE.
  7. Поверхность макромолекулы.
  8. Архитектура и топология. Структурные классификации.
  9. Основные типы укладок и структурных мотивов.

Вопросы из журнального клуба. Презентации, рефераты и статьи см. на диске Р

  1. FoldIt

  2. История структурной биологии и PDB
  3. Эволюция структур белков. Примеры.
  4. Циклические перестановки в структурах белков

  5. Rosetta

  6. Как создать белок, не встречающийся в природе?
  7. Гибкое выравнивание структур белков

  8. CASP

  9. Белки без постоянной структуры
  10. Структуры амилоидных фибрилл
  11. Эксперимент по изменению укладки структуры из-за мутации одного остатка
  12. Альтернативный сплайсинг и структура
  13. Заузленные белки
  14. Методы сравнения структур без использования RMSD