2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Задание 1го занятия
Форма отчёта: html-страница. (Допустима ссылка на файл с отчетом)
Отчёт должен включать:
- разрешение структуры
- рисунки электронной плотности с подписями
- заключение о соответствии координат атомов сгущениям электронной плотности на основе полученных рисунков
Подсказки по PyMOL см. на http://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/Main/PyMol.
Выберите структуру белка для дальнейшей работы
Требования:
Сервис EDS должен знать PDB-код.
- Это равносильно тому, что автор модели структуры положил в PDB экспериментальные данные, а не только модель.
- Экспериментальные данные называются "Файл структурных факторов" (Strucure factors)
- Имеются подходящие структурные гомологи белка (одного из, если в модели несколько белков)
Проверка PDBeFold => launch => Query - ваш PDB код, подождите результата, в таблице с находками посмотрите чтобы было 5 или более разных белков с RMSD от 0.8 до 2.5 ангстрем (колонка такая, оценка сходства) и N_align (колонка такая, число сопоставленных C_alpha) от половины числа аминокислотных остатков входного белка до 90%. Все числа не являются мировыми константами. Если проблемы - спрашивайте.
Скорее всего, структура вашего белка из первых семестров окажется подходящей.
Скачайте вашу модель и файл структурных факторов из PDB.Есть ли соответствие между структурными факторами и атомами модели?
Указание. Один структурный фактор - одна строчка с данными - несколько чисел
Постройте изображение электронной плотности вокруг полипептидной цепи и трех-пяти аминокислотных остатков, различных по типу (триптофан, лизин, аланин, например).
Используйте 2-3 уровня подрезки электронной плотности чтобы оценить качество модели пространственной структуры, представленной в PDB файле.
Указание. Для визуализации электронной плотности надо скачать файл с картой электронной плотности. См. инструкции по pymol