Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2011

Семестры Студенты Преподаватели

• 2024
• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017

• ...

Результаты представьте на веб-страницах, хотя бы как ссылку на файл .doc. Они засчитываются в колонку "Интерпретация особенностей РСА" на стр. "Skills" ведомости.

1. Найдите и объясните странности в трёх или более из указанных PDB файлов

В каждом случае укажите

• PDB-код,
• год расшифровки,
• разрешение,
• в чем странность и объяснение.

1. 7GPB (триптофаны).
2. 5RXN (хиральность боковых цепей треонинов; боковые цепи каких ещё аминокислотных остатков обладают хиральностью?).
3. 1GT0: участок цепи C от 75 до 100 остатка.
4. 2B5A (глутамины 21 в четырёх мономерах).
5. 1RC2 (молекулы воды, не связанные с белком, например, HOH1176 и HOH1108).
6. 1DLP (остатки Asn136A, Arg167C и др.).

Проверяйте в файле коэффициент заполнения и температурный фактор, в некоторых примерах это поможет объяснить странность!

2. Сравните число атомов с коэффициентом заполнения менее 1 и значения температурных факторов в какой-нибудь структуре атомного разрешения (<1.0 ангстрем) и какой-нибудь среднего разрешения (2.0 - 2.5 ангстрем)

План работы и форма описания результата — полностью на ваше усмотрение!

Для выбора структур используйте advanced search в PDB.