2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Занятие 6
Отчёт о результатах выполнения заданий должны появитсься на сайте 13 ноября.
1. Запись PDB, полученная методом ЯМР. На сайте PDB выберите какую-нибудь структуру, решённую методом NMR в 2014 году. Убедитесь, что запись PDB содержит больше одной модели и хотя бы одну цепь белка из не менее чем 60 остатков (если хотя бы одно из этих условий не выполнено, выберите другую структуру). В первой модели найдите пару аргинин - глутамат или аргинин - аспартат, образующих водородную связь между боковыми цепями (критерием водородной связи будем считать расположение атома азота менее чем в 3,5 ангстремах от атома кислорода). Рассмотрите эту пару остатков в других моделях и найдите модель, в которой их взаимное расположение максимально отличается от такового в первой модели. Включите в отчёт изображения этой пары в двух моделях и прокомментируйте.
2. Биологические единицы. На сайте PDB выберите какую-нибудь структуру, у которой асимметрическая единица включает две цепи, а биологическая единица – четыре цепи. Скачайте биологическую единицу и создайте её изображение, в котором две копии ассиметрической единицы выделены цветом. Приведите пример водородной связи между остатками из разных копий.
3. * – дополнительно. Проанализируйте запись PDB 1QPI. Объясните значения коэффициента заполнения у атомов ДНК.
См. указания.