2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
2016
Указания к заданию d4-7
Пользоваться надо не PDB-записью, а биологической единицей!
Как изобразить поверхность контакта
Для изображения части поверхности объекта, приходящейся на данное множество, в PyMOL используется команда
show surface, <множество>
Проблема с поверхностью контакта двух частей объекта заключается в том, что эта поверхность не входит в поверхность объекта в целом и упомянутая команда её не покажет.
Поэтому надо действовать так: 1) создать командой create новый объект, включающий обе контактирующие части; 2) командой select с помощью оператора around определить зону контакта на одной из частей; 3) командой remove удалить из объекта другую часть; 4) командой show surface изобразить поверхность зоны контакта.
Для красоты командой
set transparency, 0.5
можно сделать поверхность полупрозрачной. Можно также попробовать команду
set surface_quality, 1
(или даже 2 вместо 1).