Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2012

Практикум 7. Свойства аминокислотных остатков. Анализ последовательности белка. Подсказки

  1. Один из способов:

    1. Создать файл с нужным именем и расширением в FAR

    2. Щелкнуть по имени файла, он откроется в Excel.

    3. Сохранить как таблицу Excel ( Меню File [Файл]→ Save as [Сохранить как], выбрать тип файла “Excel Worksheet”[Книга Microsoft Office Excel] и т.д.)

      • Переименовать имеющийся лист можно

    4. Щелкнув по имени листа правой кнопкой мыши и выбрав во всплывающем меню Переименовать (Rename). Ввести новое имя.

    5. Двойным щелчком левой кнопки мыши выделить старое название листа и переименовать лист

  2. Создать новый лист можно щелкнув по имени одного из листов правой кнопкой мыши и выбрав во всплывающем меню Вставить (Insert).В появляющемся окне выбрать Лист (Sheet) или Insert  [Вставка]→ !WorkSheet [Лист]. Новый лист можно переименовать.

    • Порядок листов можно менять, перетаскивая ярлычки листов.

  3. Чтобы создать таблицу свойств аминокислотных остатков белка необходимо:

    1. открыть в Excel таблицу аминокислот !AminoAcids.xls (Меню File [Файл] → Open [Открыть])

    2. На соответствующем листе выделить необходимую часть таблицы, скопировать (<Ctrl+C>) и вставить на нужный лист своего файла в ячейку С1; достаточно стать курсором на эту ячейку, а потом выполнить <Ctrl+V>.

    3. Добавить недостающие столбцы (можно вставлять строки и столбцы между уже существующими: для этого надо выделить строку/столбец, Insert [Вставка] → Row [Строки]/ Column [Столбцы]

    4. Заполнить колонку «№» можно автоматически: ввести номера 1 и 2 в первые ячеки, потом выделить эти ячейки (1 и 2) и распространить вниз, схватив и потянув за маркер заполнения.

  4. Копировать весь лист (а не только его содержимое) из одной книги в другую можно

    1. Щелкнув правой клавишей мыши по имени копируемого листа → Переместить или Копировать [Move or Copy] → указать какой лист в какую книгу переместить/ копировать (для копирования поставить соотв. галочку)

      • В отдельной новой колонке на этом листе будет рассчитываться Масса а/к остатка. Для этого нужно:
    2. Создать соответствующую колонку;
    3. Ввести формулу (формула в данном случае простая и может не содержать никаких специальных функций) в первую из ячеек и распространить ее на последующие ячейки;

    4. NB: результаты вычислений массы аминокислотного остатка необходимо сравнить с массами аминокислот! Это позволит найти ошибку в исходной таблице. Чтобы перенести результаты вычисления масс а/к остатков на лист “aa_residues” нужно воспользоваться функцией ВПР (vlookup) (см. презентацию).

  5. (*) Рекомендуется отложить выполнение этого задания до оформления файла с отчетом, или вообще его не выполнять!

    • Форматирование – дело вкуса; требуется только, чтобы таблица помещалась на одну страницу печати. Проверка такая:

    1. выделить таблицу; File [Файл] → Print [Печать],

    2. указать, что печатать: Selection [Выдеенный диапазон]  → Print Preview [Просмотр]

    3. может потребоваться повернуть страницу горизонтально: !SetUp [Свойства] → Landscape [Альбомная]. В результате границы страницы печати появляются на странице Excel.

      • При форматировании можно:

    4. выделить заголовки жирным шрифтом
    5. провести границы ячеек или всей таблицы, причем можно использовать линии разной толщины
    6. повернуть заголовки вертикально, разрешить в заголовках переносить текст на новую строку
    7. выровнять текст к правому/левому краю; также и по высоте
    8. и др.

  6. Чтобы создать плоскую таблицу, содержащую последовательность вашего белка в столбце нужно:

    • Вариант 1. Написать скрипт на языке Python (слушайте рассказ и записывайте!) Вариант2.

    1. В редакторе FAR всю последовательность поместить в одну строку

    2. Скопировать эту строку в одну ячейку Excel, например, в ячейку G1

    3. Cтолбец A заполнить натуральным рядом: 1, 2, 3, …

    4. Против числа n в столбце B поместить n-й символ из ячейки G1. Для этого используйте команду MID(<из какой ячейки>, <какой номер 1-го символа>, <сколько символов взять>). Например, пусть в ячейке A5 лежит число 4. Команда MID(G1,A5,1), набранная в ячейке B5, положит в B5 четвертый символ последовательности, лежащей в ячейке G1.
      Конечно, команду надо набрать только в одной ячейке столбца B, а затем распространить вниз.
      (!) Не забудьте использовать знак “$” для замораживания адреса!
      В русифицированном Excel команда MID называется ПСТР.
      Вариант 3.

    5. Импортировать текстовый файл <идентификатор белка>.txt с последовательностью вашего белка в Excel: File →  Open, тип файла “All files”

    6. Задать формат ”фиксированной ширины”; каждую букву – в отдельный столбец

    7. Озаглавить столбец A “номер остатка белка” и пронумеровать строки в столбце A, начиная с 1

    8. Для превращения прямоугольной таблицы в столбец нужно:

      • В колонки В и С внести формулы, определяющие номер строки и номер столбца, на пересечении которых расположен которых расположен i-й остаток; для случая “20 букв в строке” эти формулы таковы:

        • A

          B

          C

          №

          строка

          столбец

          1

          =ЦЕЛОЕ((A2-1)/20)+1

          =ОСТАТ((A2-1);20)+1

          (Русск. Excel)

          2

          =INT((A3-1)/20)+1

          =MOD((A3-1);20)+1

          (Engl. Excel)

      • В колонку D внесите формулы для выбора элемента из пересечения i-й строки таблицы с j-м столбцом:

        • A

          B

          C

          D

          №

          строка

          столбец

          остаток

          1

          1

          1

          =ИНДЕКС(<адрес таблицы>B2;C2)

          2

          1

          2

          =INDEX(<адрес таблицы>,B3,C3)
          Указывается адрес таблицы, содержащей последовательность вашего белка.

      • Распространите формулы. Если все сделано верно, получаете колонку с последовательностью вашего белка!
        Вариант 4:

        • .. Придумайте сами :-)
          Используя vlookup [ВПР], добавьте нужные колонки в таблицу.
          Например,чтобы добавить колонку “Гидрофобность”, используя vlookup [ВПР] :

      • “Lookup_value” [Искомое_значение] – адрес ячейки, содержащей идентификатор (в данном случае, код остатка), который нужно найти в первой колонке таблицы aa_classes;

      • “Table_array”[Таблица] – адрес таблицы, в первой колонке которой следует искать заданный идентификатор (в данном случае, таблица с листа “aa_residues”)

      • “Col_index_num”[Номер_столбца] – номер той колонки таблицы, из которой следует извлечь содержимое и поместить в ячейку с функцией; колонка с идентификатором имеет номер 1; колонка с “Гидрофобностью” остатка – номер 2 и т.д.

      • В “Range_lookup” [Интервальный просмотр] следует указывать FALSE [ЛОЖЬ] – иначе Excel, даже если не найдет ничего, выдаст правдоподобный, с его точки зрения, ответ.

      • Enter
      • Важно проверить, что адрес таблицы не модифицируется при распространении формулы: знак “$” должен стоять и перед буквой столбца, и перед номером строки

      • Распространить формулу по колонке вниз: выделить колонку, начиная с ячейки с формулой, затем <Ctrl+D>
        Возможные ошибки:
        Идентификаторы – коды остатков – в двух таблицах одинаковы на вид, но различны для программы ... из-за невидимых знаков: пробелов.
        Как бороться: выделить колонку идентификаторов и заменить пробелы на ... ничего (Edit [Правка]→ Replace [Заменить…] и далее: Find [Найти] – вставить пробел, Replace [Заменить] – ничего не вставлять)

  7. Для нахождения суммы и среднего значения используются формулы SUM[СУММ] и AVERAGE[СРЗНАЧ]