Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2012

Практикум 7. Свойства аминокислотных остатков. Анализ последовательности белка.

Знаком (*) отмечены те задания, которые не входят в обязательную часть зачетного задания. Их можно не выполнять; но выполнение, конечно, оценивается баллами, идущими в рейтинг.

  1. Создайте файл в формате Excel с именем XXXXXXX_Pr7.xls 

  2. В книге этого файла необходимо создать листы с именами:

    • aa_residues

    • aa_mass

    • protein_seq

    • aa_frequencies

  3. На листе “aa_residues” создайте таблицу свойств аминокислотных остатков белка.

    • В таблице должны быть колонки:
      • №,
      • Код-1(однобуквенное обозначение аминокислоты),
      • Код-3(трехбуквенное обозначение),
      • Русское название
      • Гидрофобный (остаток),
      • Полярный,
      • Положительно заряжен,
      • Отрицательно заряжен,
      • Заряжен,
      • Масса остатка
        • Коды и названия остатков скопируйте со страницы

        http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/ => Свойства аминокислот
        (!) Обратите внимание, что часть столбцов надо добавить.

  4. Скопируйте в книгу своего файла лист “aa_mass” из файла AminoAcids.xls (лежит в директории Pr_7 диска P). На этом листе пересчитайте (с использованием формул Excel) молекулярную массу каждого аминокислотного остатка, зная число атомов каждого типа в нем. Массы атомов см. на листе elements. Согласуется ли результат с данными, приведенными в колонке «Масса амино-(имино-) кислоты» на листе “aa_mass”? Если вы уверены в своих результатах, то перенесите их в колонку “Масса остатка” на лист “aa_residues” своего файла.


    • Предостережение: в данных, приведенных на листе “aa_mass”, имеется одна опечатка <:(

  5. (*) Отформатируйте таблицу “aa_residues” для печати (печатать не надо! )

  6. На листе “protein_seq” создайте плоскую таблицу, содержащую последовательность вашего белка в столбце.

    • В таблице должны быть колонки:
    • Номер остатка,
    • Код-1,
    • Название (русское),
    • Масса,
    • Гидрофобность

  7. Найдите молекулярную массу вашего белка и среднюю молекулярную массу одного остатка вашего белка.

  8. (*) Найдите (с помощью формулы на листе protein_seq) участки, на которых гидрофобные остатки идут через один. Проверить, что за участки и чему они соответствуют в структуре белка, можно будет в блоке 3 курса.

  9. (**) Найдите (с помощью формулы на листе protein_seq или с помощью программы) участки, на которых гидрофобные остатки идут через шесть, и по середине – в третьей или четвертой позиции – тоже расположен гидрофобный остаток.