Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2012

Практикум 2. Подсказки

  1. FAR Manager v2.0 можно скачать с официального сайта из раздела загрузить (Far Manager v2.0 build 1807 x86, msi).

  2. Как настроить FAR

    1. Иконка. Нажмите: "Пуск" => "All Programs" => "Base" => "Far". Перетащите мышкой иконку FAR на рабочий стол и откройте FAR, щелкнув по этой иконке.

    2. Окно FAR. Переместите курсор на верхнюю - синюю - полоску окна FAR, щелкните правой кнопкой мыши. В появившемся меню выберите "Properties" => "Layout" - для изменения размера окна (следите, чтобы "Window Size" был равен "Buffer size", иначе будет неудобно работать); "Font" - для изменения шрифта. Попробуйте сделать ширину окна 100 символов и высоту 70 - это сделает окно FAR примерно в половину экрана. При сохранении выберите нужно, прочитав внимательно предлагаемые возможности!

      • После этого отложите мышку в сторону и используйте только клавиатуру!

    3. Директории. Alt+F1 и Alt+F2 для выбора диска. Далее – по дереву директорий.

    4. Панели. В окне FAR: F9 => Left (или Right) и пробуйте. Запомните команду быстрого перехода к нужному виду.

    5. Относительная ширина панелей. Ctrl+">" или другие стрелки (нужно для прочтения длинных имен файлов)

    6. Быстрый переход в директорию. Настройка. В панели – нужная директория и курсор. Левый Ctrl+Shift + k (k – одно из чисел 1,2,…9). Переход. Правый Ctrl + k

    7. Сохранение настроек. F9 => Options => Save setup.

  3. Как создать директорию – F7

    • и текстовый файл – Shift+F4.

  4. Как редактировать текст редактором FAR.

    1. Открыть файл для редактирования - F4

    2. Сохранить – см. нижнюю строчку в окне редактора, содержащую подсказки. Номер k обозначает клавишу Fk (k=1,2,…,12). Нажав Shift, Alt или Ctrl, увидите подсказки, связанные с сочетанием клавиш Shift+Fk и т.п.

  5. Как соединиться с сервером kodomo для выполнения команд.

    1. Иконка программы PuTTY. Аналогично 1а)

    2. Настройка PuTTY.

      • Запустите PuTTY;
      • В поле "Host Name" введите имя сервера: kodomo.fbb.msu.ru;

      • В поле "Saved Sessions" введите краткое имя сервера (например, kodomo) или, лучше, свой_логин@имя_сервера (например, petrov@kodomo.fbb.msu.ru);

      • В разделе "Connection type" выберите "SSH", "Port" 22;

      • В левом "меню" перейдите в Connection -> Data;

      • В поле "Auto-login username" введите свой логин;
      • В левом "меню" перейдите обратно в Session;
      • "Save".

    3. Соединение с сервером kodomo через PuTTY.

      • Запустите PuTTY;

      • Выделите имя сервера => Open;

      • Введите свой пароль - тот самый, под которыми вы заходите на компьютеры класса.
        • Если все сделано правильно, перед Вами появится приглашение ввести команду - несколько слов и знак $. Это значит, что Вы можете работать на компьютере kodomo в операционной системе Linux.

  6. Минимальный набор команд linux.

    1. pwd - сообщает полное имя текущей директории

    2. cd - <имя поддиректории> - переход в поддиректорию

    3. cd .. - выход из поддиректории (переход в родительскую директорию)

    4. ls - показывает содержимое текущей директории

    5. ls -1 - то же, но по другому

    6. ls -a - то же, но с дополнительной информацией

      • Со следующими командами надо поиграть чтобы понять что делают символы ">" и ">>"

    7. echo "text"

    8. echo "text" > file

    9. less  file - просмотр содержимого файла с именем file

    10. echo "text" >> file

    11. exit - выход

      • Упражнение. Создайте файл с именем test, содержащий название рабочей директории и список файлов в ней. Проверьте результат с помощью редактора FAR.

  7. Команда grep. Выдает строки данного файла содержащие указанную последовательность символов. Много возможностей.

    1. grep text file.txt - выдает строки, содержащие слово "text" в файле с именем "file.txt"

    2. grep -B 10 text file.txt - выдает строки, содержащие слово "text" в файле с именем "file.txt", и перед каждой – еще 10 строк (B – от before)

    3. grep -A 3 text file.txt - выдает строки, содержащие слово "text" в файле с именем "file.txt", и после каждой – еще 3 строки (A – от after)

    4. grep -B 10 -A 3 text file.txt

    5. grep --help  - выдает подсказку по программе

  8. Fasta формат.

    1. Первая строка: ">sequence_name sequence description".

      • Знак ">" – признак начала информации о последовательности

      • "sequence_name" - идентификатор последовательности - все символы между ">" и первым пробелом

      • "sequence description" – описание последовательности в свободной форме; его может и не быть

    2. Следующие строки до конца файла или строки, начинающейся ">" с другой последовательностью – сама последовательность; символы конца строки, табуляции, пробелы и цифры игнорируются. Большие и маленькие буквы не различаются.

    3. Пример:

      • >y028_bacsu putative protein
        MTTCFPR
        kRppppKLAAA

  9. Кодировка кириллицы в редакторе FAR.

    1. Текущая кодировка указана в верхней строке
    2. Изменение текущей кодировки – F8 и Shift+F8. При этом содержимое файла не меняется!
    3. Изменение кодировки в файле:

      • Ctrl+A => Ctrl+X - все убрали в карман

      • Изменение кодировки на нужную (F8 или Shift+F8)

      • Ctrl+V – вставили текст; при вставке текст перекодируется в выбранный формат

  10. Как узнать hex-коды символов с помощью FAR.

    1. F6 – переход из редактора в просмотрщик
    2. F4 – показать содержимое в HEX кодировке