2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Практикум 10. Белок «сам с собой»: гидрофобные взаимодействия, водородные связи, солевые мостики. Подсказки
Подсказки к заданию №1
Показывать начало и конец длинного белка наглядно можно с помощью использования перехода цветов. Основное условие тут - должно быть сразу понятно при сравнении двух цветов или оттенков цвета, какой из них следует за другим. Предположим, Ваш белок состоит из трех альфа-спиралей; тогда, если покрасить часть белка содержащую первую спираль красным, содержащую вторую - оранжевым и содержащую третью желтым цветом, то по такой окраске будет сразу визуально ясно, какая следует за какой (что не освобождает от необходимости сделать такое пояснение в подписи).
Если переходы радужных тонов Вам не нравятся, можно использовать переход от теплого цвета к холодному или наоборот через более светлые и темные оттенки.
Подсказки к заданию №2
Не надо просто гуглить слова "шаг альфа-спирали" и вставлять в отчет найденные в Википедии цифры. Если Вы сравните с каким-то источником полученные самостоятельно данные - это будет плюс, а если скопируете их напрямую, то не сможете аккуратно показать это же на картинках.
Для вычисления расстояний пользуйтесь режимом Measurements -> Distance из контекстного меню, вызываемого ПКМ.
Под шагом спирали понимается расстояние вдоль оси спирали, соответствующее одному полному витку, то есть повороту на 360 градусов. Если шаг маленький, то спираль вьется очень часто, как плотно намотанная катушка например, а если большой - то редко.
Количество остатков на виток - сколько на один такой шаг, на один виток, приходится аминокислотных остатков. Число может получиться дробным, ничего страшного.
Подсказки к заданию №3
Для обнаружения солевых мостиков стоит попробовать использовать команду select within. Задайте себе два вопроса: 1) между какими остатками и какими конкретно группами этих остатков может образовываться солевой мостик? и 2) какой порог расстояния между взаимодействующими атомами для солевого мостика?