2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Практикум 11. Белок и «лиганд»: с чем, как и зачем может взаимодействовать белок. Подсказки
Подсказки по поводу скрипта
Скрипт в этом практикуме - неотложная часть, потому что именно сейчас преподаватели будут проверять, насколько Вы владеете скриптовым языком Jmol. Напоминаю еще раз на всякий случай: скрипт - это последовательность команд, которые Вы даете Jmol для создания изображения, а не что-то еще (вроде длинного файла с непонятно какими функциями или выдачи History, которую может дать Jmol Вам).
В скрипте будут оцениваться следующие вещи:
Компактность скрипта. Скрипт не должен отражать результаты Вашего долгого поиска нужного ракурса и вида отображения.
Наличие комментариев. В скрипте можно после символа решетки # вводить любой текст (в том числе на русском). Не нужно комментировать каждое свое действие (например - "этой строчкой я выделил весь белок, а потом покрасил его красным" не надо писать после select protein и color red), но лучше откомментировать неочевидные действия (например, "выделяем остатки, взаимодействующие с лигандом YYY" после или перед select Lys15678 or Arg748950 or Cys84765).
Корректность скрипта. Думаю, пояснений не требуется: скрипт должен выделять именно то, о чем Вы пишете на странице.
Кроме этого, скрипт обязательно должен удовлетворять следующим требованиям:
Должен корректно работать при запуске на уже покрашенной и выделенной иным способом случайным образом структуре. Единственное исключение - повороты молекулы и увеличение-уменьшение могут работать исходя из ракурса по умолчанию.
Должен содержать команду pause, разделяющую части скрипта, показывающие разные картинки. Иными словами, цель скрипта - чтобы читатель мог запустить его в Jmol с Вашей структурой, увидеть картинку из задания №1, затем нажать enter и увидеть картинку из задания №2.