2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Практикум 14. Excel (продолжение)
Результатом работы должны быть три Excel-файла: XXXXX_pr14_mw.xlsx с результатами первого и второго заданий; XXXX_pr14_phipsi.xlsx с результатами заданий 3 и 5.2 и XXXX_pr14_genes.xlsx с результатами заданий 4 и 5.1.
Пользуйтесь указаниями.
Задание 1. Число различных остатков в вашем белке
Получите текстовую таблицу, содержащую количества каждого из аминокислотных остатков в вашем белке. Импортируйте таблицу в Excel.
Задание 2. Молекулярная масса белка
Посчитайте средствами Excel молекулярную массу вашего белка.
Результатом должен быть файл Excel, в котором на листе "worcount" имеются озаглавленные столбцы с однобуквенными кодами остатков, их количествами в вашем белке, их молекулярными массами, а также ячейка с формулой, подсчитывающей молекулярную массу вашего белка, и комментарием, объясняющим, что именно посчитано.
(* – дополнительно) сравните полученное число с массой, указанной в банке Swiss-Prot.
Задание 3. Карта Рамачандрана
Получите значения торсионных углов φ и ψ для всех остатков в структуре вашего белка и визуализируйте их на двумерной диаграмме ("карте Рамачандрана").
Диаграмма должна иметь название "Ramachandran plot", диапазон по обеим осям от -180 до 180, цена основных делений 60. Название ряда (справа) не нужно.
Задание 4. Гистограмма длин белков
Создайте таблицу генов одной из хромосом (не плазмид!) выданной вам бактерии, включающую столбцы с длиной продукта (в аминокислотных остатках) и направление гена относительно одной из цепей ДНК (прямое или обратное).
Постройте гистограмму длин белков бактерии с шагом 50. Визуализируйте её в виде столбчатой диаграммы.
Таблица генов и гистограмма длин должны быть на отдельных листах с подходящими названиями. Диаграмму можно разместить на том же листе, что гистограмму, можно на отдельном.
Задание 5. Сводная таблица
5.1.
Создайте сводную таблицу количества и средней длины генов на прямой и обратной цепи.
(* – дополнительно) Имеется ли достоверное отличие количества и средней длины генов на двух цепях?
5.2.
Создайте сводную таблицу количества разных остатков в выданной вам структуре из PDB.
Отличается ли результат от полученного по последовательности белка из Swiss-Prot? Если да, постарайтесь объяснить, почему.