Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2012

Семестры Студенты Преподаватели

• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017
• 2016

• ...

Вопросы к зачету и порядок его проведения по блоку 2 (ДД)

1. Что будет на зачете

Зачеты у групп проходят как указано в расписании: 15 и 17 мая. Автоматы по моей части блока ставились в случае, если все было сдано, причем желательно практикумы 6 и 8 - в срок. Иногда делалось исключение, если работа была очень годной.

Те, у кого нет автомата по результатам выполнения практикумов (см. файл с результатами за блок 2, последние колонки), будут сдавать устный зачет. Он будет состоять из двух частей:

1. За компьютером: те, у кого уже проверен файл с матрицей BLOSUM, будут рассказывать порядок своих действий при ее реконструкции. Те, у кого файла BLOSUM нет на 13 мая - получат задание выбрать вручную из базы данных BLOCKS несколько блоков и создать соответствующий файл непосредственно на зачете, а потом соответственно рассказывать порядок действий.

2. Устный ответ: после сдачи задания за компьютером студент получает билет, в котором будет 2 вопроса из разных тем списка, приведенного ниже. Вопросы не окончательные и могут немного поменяться. Время на подготовку - примерно 10 минут, так как вопросы будут достаточно короткие, на понимание. Обратите внимание: во время подготовки к ответу на вопрос нельзя пользоваться никакими дополнительными материалами, в том числе компьютерами, соседями и т.п.

Это порядок зачета по моим практикумам (Парное выравнивание, BLOSUM, Множественное выравнивание) - у других преподавателей могут быть к вам другие запросы.

2. Список вопросов

• Парное выравнивание

  1. Что такое "парное выравнивание" применительно к биологическим последовательностям?
  2. Что такое "% identity" и "% simillarity"? Какие критерии значимости для величин identity Вы знаете?
  3. Для чего нужно строить парное выравнивание?
  4. Какие процессы обеспечивают (на уровне биологических последовательностей) изменчивость, наследственность и естественный отбор?
  5. Какие алгоритмы для построения парных выравниваний Вам известны? В чем они отличаются? Какие программы для их реализации Вы знаете?
  6. Опишите основные шаги алгоритма Нидлмана-Вунша. Какие входные параметры требуются этому алгоритму?

• BLOSUM

  1. Что такое матрица BLOSUM? Для чего она применяется? Каковы алгебраические свойства этой матрицы?
  2. Что такое BLOCKS?
  3. Требуется ли обновлять матрицу BLOSUM по мере появления новых последовательностей? Обоснуйте свой вариант ответа.
  4. Поясните, что такое "ожидаемые частоты замен" и "наблюдаемые частоты замен"? Как они вычисляются и что можно оценить с их помощью?
  5. В чем отличие и сходство матриц серий BLOSUM и PHAT?
  6. Что обозначает число 26 в названии BLOSUM26? Для чего нужны разные матрицы BLOSUM? В каких случаях более целесообразно применять матрицы с большим номером, а когда - с маленьким? В каким пределах изменяется номер в названии матрицы?

• Множественное выравнивание

  1. В чем отличие множественного выравнивания от парного? Перечислите цели, для которых можно строить множественное выравнивание.
  2. Как вы понимаете термин "блок" применительно к множественному выравниванию?
  3. На чем основана современная таксономия прокариот?
  4. Почему при составлении выборки для дальнейшего анализа могут оказаться полезны знания о таксономии живых организмов?
  5. Что такое редакция множественного выравнивания? Почему выравнивание может нуждаться в редактировании?