2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Вопросы к зачету и порядок его проведения по блоку 2 (ДД)
1. Что будет на зачете
Зачеты у групп проходят как указано в расписании: 15 и 17 мая. Автоматы по моей части блока ставились в случае, если все было сдано, причем желательно практикумы 6 и 8 - в срок. Иногда делалось исключение, если работа была очень годной.
Те, у кого нет автомата по результатам выполнения практикумов (см. файл с результатами за блок 2, последние колонки), будут сдавать устный зачет. Он будет состоять из двух частей:
За компьютером: те, у кого уже проверен файл с матрицей BLOSUM, будут рассказывать порядок своих действий при ее реконструкции. Те, у кого файла BLOSUM нет на 13 мая - получат задание выбрать вручную из базы данных BLOCKS несколько блоков и создать соответствующий файл непосредственно на зачете, а потом соответственно рассказывать порядок действий.
Устный ответ: после сдачи задания за компьютером студент получает билет, в котором будет 2 вопроса из разных тем списка, приведенного ниже. Вопросы не окончательные и могут немного поменяться. Время на подготовку - примерно 10 минут, так как вопросы будут достаточно короткие, на понимание. Обратите внимание: во время подготовки к ответу на вопрос нельзя пользоваться никакими дополнительными материалами, в том числе компьютерами, соседями и т.п.
Это порядок зачета по моим практикумам (Парное выравнивание, BLOSUM, Множественное выравнивание) - у других преподавателей могут быть к вам другие запросы.
2. Список вопросов
Парное выравнивание
- Что такое "парное выравнивание" применительно к биологическим последовательностям?
- Что такое "% identity" и "% simillarity"? Какие критерии значимости для величин identity Вы знаете?
- Для чего нужно строить парное выравнивание?
- Какие процессы обеспечивают (на уровне биологических последовательностей) изменчивость, наследственность и естественный отбор?
- Какие алгоритмы для построения парных выравниваний Вам известны? В чем они отличаются? Какие программы для их реализации Вы знаете?
- Опишите основные шаги алгоритма Нидлмана-Вунша. Какие входные параметры требуются этому алгоритму?
BLOSUM
- Что такое матрица BLOSUM? Для чего она применяется? Каковы алгебраические свойства этой матрицы?
- Что такое BLOCKS?
- Требуется ли обновлять матрицу BLOSUM по мере появления новых последовательностей? Обоснуйте свой вариант ответа.
- Поясните, что такое "ожидаемые частоты замен" и "наблюдаемые частоты замен"? Как они вычисляются и что можно оценить с их помощью?
- В чем отличие и сходство матриц серий BLOSUM и PHAT?
- Что обозначает число 26 в названии BLOSUM26? Для чего нужны разные матрицы BLOSUM? В каких случаях более целесообразно применять матрицы с большим номером, а когда - с маленьким? В каким пределах изменяется номер в названии матрицы?
Множественное выравнивание
- В чем отличие множественного выравнивания от парного? Перечислите цели, для которых можно строить множественное выравнивание.
- Как вы понимаете термин "блок" применительно к множественному выравниванию?
- На чем основана современная таксономия прокариот?
- Почему при составлении выборки для дальнейшего анализа могут оказаться полезны знания о таксономии живых организмов?
- Что такое редакция множественного выравнивания? Почему выравнивание может нуждаться в редактировании?