Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2012

Семестры Студенты Преподаватели

• 2024
• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017

• ...

4. PubMed

Дан белок, который принимает участие в процессах внутриклеточной регуляции (см. таблицу)

Задача: используя поисковую систему PubMed, описать, что известно о роли этого белка в регуляции клеточных процессов.

Отчет должен содержать

1. Историю ваших запросов PubMed и их результатов вида:

Ожидается, что вы используете запросы по полям Title [ti], Author[au], Publication Date [DP]; операторы AND и OR; статьи на близкую тему - Related citation для какой-либо статьи (в табл. указать название статьи и "Related citation" в графе "Запрос как его понял Pubmed")

Результатом должен стать запрос, находящий несколько наиболее подходящих статей, по возможности, с открытым доступом.

2. Ссылку на вашу персональную коллекцию публикаций на заданную тему в PubMed. Статьи должны действительно содержать описания вашего белка. В коллекции должно быть от 5 до 10 статей.

3. Краткое описание одной экспериментальной open access статьи (не перевод абстракта!). Напишите, что вы там поняли. В чем заключается экспериментальная методика? Какой основной вывод авторов?

Дополнительное задание

4. (*) Краткое описание (пол-страницы на русском языке) сигнального каскада, в котором принимает участие этот белок. Проще всего начать составлять такое описание прочитав какой-нибудь обзор. Постарайтесь ответить на следующие вопросы:
   1. Какова функция данного каскада? B. В ответ на что активируется этот сигнальный путь? C. В чем состоит эффекторная часть сигнального пути (какие гены активируются, какие белки деградируют и так далее)?

      D. Последовательность реакций в сигнальном каскаде. Обратите внимание, что Википедия - это не PubMed, не спутайте их. Напоминаю, что при использовании материалов из внешних источников принято указывать ссылки (см. раздел "Как будет оцениваться"). F. Какие патологии возникают в результате нарушения данного каскада. Тут тоже надо сослаться на экспериментальные данные - это может быть статья, где показано, что какое-то заболевание человека или патология у животных связана с нарушением сигнального пути, или статья об эффектах генетического нокаута у лабораторных животных. Поскольку статью надо все-таки с той или иной степенью тщательности прочитать, то она тоже должна быть open access.

Примечание

Под открыто доступными статьями условимся понимать open access или статьи в журналах, на которые у факультета есть подписка. То есть все, что можно скачать из компьютерного класса.

Полезные приемы поиска

Подсказки по работе с сайтом NCBI можно найти на странице этого же задания для предыдущего курса.

ВНИМАНИЕ!!

Распространенная ошибка касается ссылок на коллекцию. Ссылка на коллекцию, доступная мне, выглядит примерно так:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/myncbi/collections/public/1BWH9eipvPiNY-g2yUjGxvR5B/

Многие копируют ссылку из адресной строки браузера, получая нечто типа

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=pubmed&cmd=historysearch&querykey=1

С точки зрения PubMed по первой (правильной) ссылке с вашего компьютера выполняется запрос, результат которого вы видите. Вторая ссылка - означает, что PubMed выдаст результат одного из ваших предыдущих запросов. А если по второй ссылке перехожу я, то я вижу результат одного из моих запросов, а не вашего.

Чтобы получить правильную ссылку, надо присвоить коллекции статус public. После сохранения изменений PubMed выдает "Public URL for your collection is ..." - и вот оттуда надо скопировать ссылку.

Как будет оцениваться

Человеконечитаемые (мелкие, написанные цветом фона, недоступные по ссылкам и пр.) веб-страницы не проверяются.

Любые обнаруженные случаи плагиата (рисунки, скопированные откуда угодно без ссылки на источник, текст переписанный из любых источников) - сразу означает окончание проверки вашей работы. В том числе это происходит, если вы уже что-то приносили, присылали, и что-то уже проверялось, а вам осталось только доделать какие-то мелочи. Все выставленные ранее баллы превращаются в 0, вам выдается новое задание (новый белок), которое надо будет сделать.

Машинный перевод - сразу отправляется на переписывание.

Все остальное проверяется на предмет того, выполнены ли поставленные задания. Выставляется зачет и оценка от 0 баллов. Для получения зачета надо выполнить как минимум задания 1 - 3. За это дается 2 балла. Если выполнить не сейчас, а ближе к зачету - 1 балл. На пересдаче - 0 баллов, там о баллах поздно думать. За выполненное задание 4 дается до 20 баллов. Потом все равно все это пересчитывается в суммарный бал за семестр, не знаю как.