2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Практикум 9
Задание 1 (по ТВ): Содержит ли Swissprot послание инопланетян? :)
Предскажите теоретически сколько раз данное слово встречается в банке SwissProt
Определите точно сколько раз данное слово встречается в банке SwissProt
- Результаты (предсказание и факт) и вывод представьте на html страничке
Задание 2: Найдите вероятных гомологов вашего белка в банке SwissProt с помощью паттернов
- Создайте "сильный" и "слабый" паттерны
- Найдите все последовательности, содержащие каждый из паттернов. Заполните таблицу:
Характеристика паттерна |
Паттерн |
В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну? |
Все ли последовательности из вашего выравнивания найдены? (если нет, то сколько) |
Сильный |
|
|
|
Слабый |
|
|
|
Задание 3: Найдите все мотивы PROSITE в последовательности вашего белка
Неспецифичные (часто встречающиеся) мотивы также включите в находки.
На сайте представьте следующую таблицу.
Идентификатор документа Prosite (AC) |
Название мотива |
Краткое описание мотива |
Тип подписи (паттерн, профиль) |
Паттерн (если это паттерн) |
Специфична ли подпись? |
Сколько мотивов нашлось в белке? |
Например,PS00008 |
MYRISTYL |
Сайт N-миристоилирования |
паттерн |
G-{EDRKHPFYW}-x(2)-[STAGCN]-{P} |
неспецифична |
12 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Дополнительные задания
Задание 4: Гомологичны ли все белки, найденные по одному паттерну из задания 2?
- Выберите один из паттернов (например, сильный)
- Найдите еще раз и сохраните все находки в формате fasta
Откройте в JalView и постройте выравнивание последовательностей
- Оцените с точки зрения гомологичности находок. Результат и выводы представьте на сайте