Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2012
Краткая характеристика некоторых программ пакета BLAST
Программа |
Пробная посл-ть |
Где ищет (тип данных банка) |
Для чего служит |
Примечание |
BLASTN |
НК |
НК |
Поиск последовательности в банке; предсказание транскрибируемых участков (проба — участок генома; банк — транскрипты) |
Последние версии позволяют достаточно эффективно искать гомологи при надлежащем выборе параметров |
BLASTP |
Белок |
Белки |
Поиск гомологов |
|
BLASTX |
НК |
Белки |
Эта программа часто используется на первом этапе анализа новых нуклеотидных последовательностей для предсказания кодирующих участков |
Проба транслируется в 6 рамках |
TBLASTN |
Белок |
НК |
Поиск гомологов белка в неаннотированных нуклеотидных последовательностях |
Банк транслируется в 6 рамках |
TBLASTX |
НК |
НК |
Поиск гомологов к кодирующим участкам. Полезна, если в пробной последовательности много ошибок. |
6×6=36. Работает долго. Применяется редко. |
Про программы пакета BLAST и их установку на своем компьютере читайте здесь.