Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2012

Онлайн BLAST

NCBI BLAST, ENA Sequence Search

1. Поиск организма по фрагменту нуклеотидной последовательности

По заданному 300-нуклеотидному фрагменту, используя программу megablast, определите какому организму принадлежит данный фрагмент. Номер фрагмента соответствует номеру фамилии в списке. В отчёте укажите организм, AC записи RefSeq, координаты данного фрагмента в записи, кодирующим или некодирующим он является, если кодирующим – что именно кодирует.

Указание: Программу megablast можно запустить на сайте NCBI, выбрав нуклеотидный blast (blastn) и указав алгоритм "megablast" (он стоит по умолчанию).

2. Поиск гомолога белка человека в слоне

Выберите любой белок человека, идентификатор которого в Swiss-Prot начинается с той же буквы, что ваша фамилия. Получите последовательность данного белка. На сайте ENA проведите поиск гомолога этого белка в геноме африканского слона. Укажите в отчете e-value лучшей находки, длину и identity полученного выравнивания, координаты найденного гена в геноме слона, а также количество интронов в данном гене слона. Если для выбранного вами белка гомолога не нашлось, попробуйте другой белок.

Указания:

3. Поиск некодирующих последовательностей программой BLAST

Найдите и вырежьте в отдельный файл последовательность любой тРНК из генома заданной бактерии. Проведите поиск гомологов данной последовательности по всем бактериям, относящимся к тому же порядку, что и ваша. Укажите в отчете число находок с e-value < 0,001. Поиск проведите тремя разными вариантами:

a. алгоритмом megablast;

b. алгоритмом blastn с параметрами по умолчанию;

c. алгоритмом blastn с длиной слова = 7, match/mismatch = 1/-1 (максимально чувствительные параметры, доступные на сайте)

Сравните полученные результаты.

Указания:

4*. Сравнение программ BLASTN и MegaBLAST.

В задании 3 посмотрите внимательно на род и семейство найденных бактерий. Сравните длины выравниваний для одних и тех же находок при разных параметрах поиска. Чем можно объяснить наблюдаемые различия?