2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
2016
Геномные браузеры
Отчет, как обычно, выложите на сайт.
Ссылки: UCSC genome browser, Ensembl, NCBI Map Viewer
1. UCSC
Найдите выбранный в пункте 2 практикума 12 белок человека в UCSC браузере.
a) Укажите:
- короткое и полное имя гена,
- на какой цепи он закодирован,
- в какой хромосоме находится,
- к каким плечу и полосе принадлежит участок (например,chr7:p14.2),
- координаты гена в последовательности хромосомы,
- сколько альтернативных продуктов закодировано в гене,
- для каждого продукта укажите число экзонов и длину аминокислотной последовательности.
b) Сохраните картинку окрестности гена из Genome Browser c треками:
гены USCS и RefSeq (USCS Genes и RefSeq Genes),
- метилирование ДНК (ENC_DNA_Methylation),
- консервативность последовательности среди млекопитающих (Conservation),
- полиморфизмы (Common SNPs).
Указания.
- Щелкните на ген, чтобы увидеть его характеристики
- Задайте параметры изображения (dense, pack, full или squish для выбранных характеристик и hide для остальных)
- Чтобы сохранить картинку, нажмите правой кнопкой на трек и выберите пункт "View image". Если не получится, сделайте скриншот.
2. Ensembl
Постройте выравнивание выбранного гена человека с гомологичным геном шимпанзе и определите число различий. Сравните его с числом часто встречающихся полиморфизмов (различий в геномах разных людей) в этом же гене. Выравнивание сохраните в рабочей директории, сделав на него ссылку в отчете на сайте. Полученные данные и выводы приведите на сайте.
Указания. Найдите заданный ген в поиске Ensembl. В меню слева выберите Comparative Genomics - Genomic alignments. В выпадающем списке выберите выравнивание с шимпанзе. Сохраните полученное выравнивание (export data - слева). Подсчитайте число различий командой distmat пакета EMBOSS. Узнайте число полиморфизмов, выбрав в меню слева Genetic Variation - Vatiation table.
3*. NCBI Map Viewer
Рассмотрите тот же фрагмент генома в NCBI Map Viewer. Опишите, в чем отличие от других браузеров, в чем он удобнее/неудобнее, какую информацию можно извлечь только из этого браузера.
Подсказка: При поиске в Ensembl перейдите на вкладку location и найдите слева ссылку на NCBI Map Viewer, где сразу откроется искомый фрагмент генома.