Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2012

На этой странице вы найдете задания третьего занятия первого блока.


для всех заданий форма отчётности html страница


Задание 1 (обязательное, * отмечены упражнения, результаты которых необходимо привести в отчете)

Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре

Упр.1.

Вспомнить, как с помощью команды define JMol задавать множества атомов.

  1. Определите множество атомов кислорода 2'-дезоксирибозы (set1).
  2. Определите множество атомов кислорода в остатке фосфорной кислоты (set2).
  3. Определите множество атомов азота в азотистых основаниях (set3).
  4. Создайте скрипт-файл с определениями этих множеств.
  5. Создайте скрипт-файл, вызов которого в JMol даст последовательное (с паузами!) изображение всей структуры, только ДНК в проволочной модели, той же модели, но с выделенными шариками множеством атомов set1, затем set2 и set3.

Упр.2. *

Описать ДНК-белковые контакты в заданной структуре. Сравнить количество контактов разной природы.

Будем считать полярными атомы кислорода и азота, а неполярными – атомы углерода, фосфора и серы.

Назовем полярным контактом ситуацию, в которой расстояние между полярным атомом белка и полярным атомом ДНК меньше 3.5Å. Аналогично, неполярным контактом будем считать пару неполярных атомов на расстоянии меньше 4.5Å.

См. также подсказки..

Определите число контактов и заполните следующую таблицу.

Таблица. Контакты разного типа в комплексе XXXX.pdb

Контакты атомов белка с

Полярные

Неполярные

Всего

остатками 2'-дезоксирибозы

остатками фосфорной кислоты

остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки

остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки

Упр.3. *

Упр.4. *

На полученной схеме выбрать

  1. аминокислотный остаток с наибольшим числом указанных на схеме контактов с ДНК;
  2. аминокислотный остаток, по-вашему мнению, наиболее важный для распознавания последовательности ДНК. В отчете привести обоснование выбора, а также 2 картинки, полученные с помощью JMol. Картинки должны иллюстрировать контакты выбранных аминокислотных остатков с ДНК. Под картинками приведите подписи, поясняющие изображение.


Задание 2 (обязательное, результаты выполнения нужно привести в отчете)

Предсказание вторичной структуры заданной тРНК

Упр.1. * Предсказание вторичной структуры тРНК путем поиска инвертированных повторов

Программа einverted из пакета EMBOSS позволяет найти инвертированные участки в нуклеотидных последовательностях. Найдите возможные комплементарные участки в последовательности исследуемой тРНК. Сравните с их описанием, полученным ранее с помощью find_pair. Результаты сравнения занесите в таблицу, приведенную ниже. Постарайтесь подобрать параметры для получения предсказания, наиболее близкого к реальной структуре.

Упр.2. *

Предсказание вторичной структуры тРНК по алгоритму Зукера.

Программа mfold из пакета EMBOSS реализует алгоритм Зукера. Постарайтесь подобрать параметры для получения предсказания, наиболее близкого к реальной структуре. Результаты внесите в таблицу, приведенную ниже.

Сохраните и внесите в отчет картинку с лучшим предсказанием, а также укажите, каким по счету оно было.

Если программа не работает используйте web вариант ссылка

Реальная и предсказанная вторичная структура тРНК из файла XXXX.pdb

Участок структуры (расшифровку названий см. на рис. 2 в статье О.О.Фаворовой)

Позиции в структуре (по результатам find_pair)

Результаты предсказания
с помощью einverted

Результаты предсказания по алгоритму Зукера

Акцепторный стебель


5'-901-907-3'
5'-966-972-3'
Всего 7 пар


предсказано 2 пары из 7 реальных

D-стебель

T-стебель

Антикодоновый стебель

Общее число канонических пар нуклеотидов

См. подсказки..