Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2012

Экзамен

Экзамен состоит из двух частей, сдаваемых в произвольном порядке.

Критерии оценки

Оценка равна округлению среднего арифметического за алгоритмы и за 3D.

Оценка за 3D равна среднему арифметическому трех оценок. Проставляется с точностью до десятых.

Часть I. РСА

Из 5 баллов. Засчитывается оценка за коллоквиум, см. в ведомости. Не имеющие оценки или желающие её улучшить на экзамене получают вопросы из части I.

Часть II. Журнальный клуб

Из 5 баллов. Засчитывается оценка из ведомости за доклад и оппонирование.

Часть III: Ответ на экзамене

Из 5 баллов. Ответ на билет (см. ниже) плюс зачтенные умения и отчёт по оценке качества структуры. Если что-то не сдано, то получаете соответствующее задание на экзамене.

  1. Водородные связи и вторичная структура белков. Алгоритмы DSSP и Stride.
  2. Постановка задачи совмещения структур при заданном выравнивании. Меры сходства. Алгоритм Сиппла –- Стегбухнера
  3. Постановка задачи пространственного выравнивания (без заданного выравнивания последовательностей). Алгоритм PDBeFold. Мера качества в алгоритмах PDBeFold и DALI.
  4. Кластеры неполярных атомов. Гидрофобное ядро. Алгоритм Свинделлса. Алгоритм (k,l)-разрезов.
  5. Домены, определения. Структурные домены, основные характеристики.
  6. Принципы алгоритмического выделения структурных доменов. Алгоритмы DOMAK и DETECTIVE.
  7. Поверхность макромолекулы.
  8. Структурные классификации SCOP и CATH. Уровни классификации. Архитектура и топология.

Вопросы из журнального клуба. Презентации и статьи см. на диске Р.

  1. FoldIt

  2. Эволюция структур белков. Примеры.
  3. Циклические перестановки в структурах белков.

  4. Rosetta (в т.ч. Rosetta@Home и MR-Rosetta).

  5. Как создать белок, не встречающийся в природе?
  6. Гибкое выравнивание структур белков

  7. CASP

  8. Структуры амилоидных фибрилл
  9. Эксперимент по изменению укладки структуры из-за мутации одного остатка