Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2013

Семестры Студенты Преподаватели

• 2024
• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017

• ...

Правила получения зачёта блока 2

Вводятся две категории зачёта.

Стандартный зачёт

Параметры скрипта (имена файлов и др.) могут быть заданы в теле скрипта, не требуется их получение из командной строки.

1. Защита скрипта из задания 2 практикума 7; в скрипте должен быть описан и использован класс Proteins.
2. Защита скрипта, выполняющего этапы 1 и 2 задания 2 практикума 8.

Защита состоит в том, что преподаватель проверяет работу скрипта, потом открывает код и может спросить, что делает та или иная команда.

3. Написание работающего скрипта на контрольной работе (или во время переписывания ее).

Будет предложено написать простой скрипт (на 10-20 строк)

4. Любой скрипт, использующий словарь (список скоро появится как практикум 10)

Зачёт повышенной сложности

Параметры скриптов (имена файлов и др.) должны задаваться в командной строки.

1. Зачтенные задания, перечисленные в стандартном зачёте
2. Защита скрипта, составляющего т.н. хромосомную таблицу из входного файла в формате Genbank (.gbk).

3. Cкрипт, выполняющий задание 3 из практикума 10 (скоро появится на сайте), с использованием словаря.

Хромосомная таблица

• Файл должен называться <Family_name>_<gbk_file_name>_genes.txt. Пример:

Ivanov_NC_111222_genes.txt 

• Первая строка таблицы должна содержать названия колонок.
• Одна строка таблицы (кроме первой) соответствует одному гену, кодирующему один белок. Включения в хромосомную таблицу генов, кодирующих РНК, в задании не требуется.
• Для получения строки разбирается информация, относящаяся к ключу (feature_key) каждой CDS. CDS с форматом координат, отличным от двух, примеры которых приведены ниже, анализируются, но координаты можно указать так: начало 0, конец 0, ориентация 1.

Примеры:

CDS     123..847
CDS     complement(245..1200)

• Колонки в таблице такие:
  • locus_tag
  • first_nuc
  • last_nuc
  • orientation
  • gene_name
  • refseq_protein_id
  • Добавление колонки product не является обязательным, но за нее даются дополнительные баллы. Трудность в том, что значение квалификатора /product="..." может переходить (и часто переходит) на следующие строки.
• Разделителем полей в строке служит табулятор ("\t")

• Получение дополнительных данных (расшифровка координат с join(...) и <100..457, колонки function и note и др., добавление генов РНК) оцениваются дополнительными баллами.

Пояснения

• Выполнение других заданий практикума не является обязательным для получения зачёта блока. За них идут дополнительные баллы из практикумов.
• Баллы за выполнение заданий зачёта повышенной сложности, естественно, повышаются.