Kodomo

User

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2013

Семестр I. Объекты и инструменты

Расписание

Результаты (Только для студентов этого года и преподавателей!)

Блок 1: Файловая система. FAR. Геном как файл.

1. Что такое биоинформатика?

6 и 7 сентября

Д. Диброва, С. Митрофанов, А. Алексеевский, С. Спирин

[презентация] [задания] [подсказки] [файл 1 с диска P] [файл 2 с диска P]

2. Устройство компьютера. Far Manager. WinSCP

13 и 14 сентября

А. Залевский, С. Митрофанов, Д. Диброва, А. Алексеевский, С. Спирин

[презентация] [задания] [подсказки] [таблица геномов вирусов] [о протоколах практикумов] [обновленная инструкция по Far]

Протоколы скачаны 5 октября в 11 утра. Все файлы протоколов с правильными именами проверены, баллы проставлены в таблицу результатов. С первого раза зачет за этот практикум получил всего 1 человек с вашего курса. Это грустно(

Прокомментированные протоколы [здесь]

3. Прокариотические геномы как файлы. Знакомство с форматом GenBank

20 и 21 сентября

Д. Диброва, С. Митрофанов, А. Алексеевский, С. Спирин

[презентация] [задания] [подсказки] [таблица геномов прокариот]

Разбор ошибок [здесь]

4. Геномы. Геномные браузеры

27 и 30 сентября

М. Трегубова, Д. Диброва, С. Митрофанов, А. Алексеевский

[презентация] [задания] [подсказки] [таблица генов АТФ-синтаз] [подсказка по геномному браузеру] [словарь]

Разбор ошибок [здесь]
Базы последовательностей на сайте NCBI: [разъяснения]

Блок 2: Основы программирования на Python и анализ геномов прокариот

5. Введение в программирование на Python

4 и 5 октября

Д. Диброва, С. Митрофанов, А. Алексеевский, С. Спирин

[презентация] [задания] [подсказки] [подсказки по Python]

6. Условия, списки, циклы, чтение файла

11 и 12 октября

Д. Диброва, С. Митрофанов, С. Спирин

[презентация] [задания] [подсказки по Python, обновленные]

Разбор ошибок [здесь]

7. Классы

18 и 19 октября

Д. Диброва, С. Митрофанов, С. Спирин

[презентация] [задания] [подсказки] [подсказки по Python, обновленные еще раз]

Разбор ошибок [здесь]

8. Чтение файла полного генома в формате GenBank.

25 и 26 октября

А. Алексеевский, С. Спирин, Д. Диброва, С. Митрофанов,

[задания] [подсказки по Python, новее не бывает]


О формате .gbk, в котором хранятся последовательности на сайте NCBI: [разъяснения]

9. Пример скрипта, создающего и использующего класс

1 и 2 ноября

А. Алексеевский, С. Спирин, Д. Диброва, С. Митрофанов

10. Словари

8 и 9 ноября

Д. Диброва, С. Спирин, А. Алексеевский, С. Митрофанов

[задания] [подсказки по Python]


Зачёт блока 2

[правила получения зачёта]

Зачёт по Far Manager

Зачет необходимо сдать в течение блока 2 во время работы на занятиях или по договоренности с СМ в другое время.

С. Митрофанов

[Минимум для зачета по Far Manager]


Отчёт по "своим" геномам вируса, прокариота и белку

Должен быть подготовлен до 23 ноября. Если будет готов раньше, то сообщите преподавателям. Содержание отчёта после проверки вы должны будете открыть на html страничках своего сайта на kodomo.

Отчёт должен появиться в директории credits блока 3. Имя файла должно заканчиваться так: "_report.doc" (или .docx, или .odt)

[содержание] [пояснения-1] [пояснения-2] [пример отчета]

[пример хорошего оформления] [пример плохого оформления]

Разбор ошибок [здесь]


Блок 3: Основы HTML. Excel

11. HTML: начало

15 и 16 ноября

С. Митрофанов, Д. Диброва, С. Спирин, А. Алексеевский

[задания] [подсказки]

12. HTML. CSS

22 и 23 ноября

С. Митрофанов, Д. Диброва, С. Спирин, А. Алексеевский

Изменена формулировка задания про Ваши странички о белке Zzzz и прокариотическом организме Y.yyyy! [задания]

[учебник HTML и CSS] [Пример файла стилей]

13. MS-Excel: начало

29 и 30 ноября

С. Спирин

[задания]

14. MS-Excel: продолжение

6 и 7 декабря

С. Спирин

[задания]

15. MS-Excel: окончание

13 и 14 декабря

С. Спирин

[задания]

[Что надо уметь по Excel]

Сдавать можно на занятии 13–14 декабря или на зачёте. Подсказки см. здесь.

Пересдача зачёта для обеих групп — 25 декабря (среда), 15:30