Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2013
Дата посл. изменения 9 окт 2013
Это только начало. Пока проверяю только задание 1. ААл.
Задание 1
- Неточность в формулировке задания (Sorry!).
- В колонку 1 таблицы 1 для эукариот следует вносить число физических молекул двухцепочечных ДНК, содержащихся в ядре одной клетки, отметив это. Дело в том, что в клетке много митохондрий (и хлоропластов у растений), значит, и молекул митохондриальной ДНК (мтДНК) много. Да и в одной митохондрии может быть много молекул мтДНК.
- ОБЯЗАТЕЛЬНО нужно писать комментарии о противоречиях в данных, как минимум, указать на них!
- Число генов белков не может превышать число всех генов - часть не может превосходить целое. Если в БД Genomes указано число белков и оно превышает число генов, то надо отметить что в вашей таблице указано число белков. И объяснить "противоречие" , если сумеете.
Если геномный проект не завершен, то указанное число генов может оказаться далеким от действительности. Так, в БД Genomes указано, что у слона - 13 генов! Вы поверили? Комментарий обязателен!
- По той же причине, если в геноме кошки не указана половая Y-хромосома, то стоит задуматься: не противоречит ли отсутствие Y-хромосомы наличию котов? И написать правильно.
- Для ряда геномов, например, для генома ящерицы, вопрос о числе хромосом и числе половых хромосом не полностью отражен в БД Genomes. Полная информация - если она известна - может быть найдена только в статьях. Поэтому в графе "Число разных ДНК" пишете "по данным БД Genoes" а в графе "Число молекул ДНК в клетке" пишите "?". Для млекопитающих, особенно, не экзотических, правильные данные о числе хромосом можно отыскать.
- Допустим, про геном написано, что псевдогенов 0, или ничего не написано про псевдогены. Верить этому не стоит! В эволюции новые гены зарождаются из старых, в основном, путем дупликации, т.е. вставки дополнительной копии уже существовавшего гена. Копия начинает далее жить своей жизнью. Также гены умирают - перестают транслироваться "живые" гены или вставляются "мертворожденные" - не транслирующиеся - копии др. генов. Поэтому псевдогены имеются практически во всех геномах, кроме, разве что, вирусных, из которых неработающие гены удаляются (теряется фрагмент ДНК или РНК содержащий псевдоген)ввиду очень быстрой эволюции вирусов.
Поэтому следует писать "псевдогены в таком-то геноме не указаны" или что-то вроде того.
- Вы, студенты, отвечаете за правильность того, что в Вашем протоколе содержится. Если вы не поняли, что написано в заголовки колонки таблицы-образца, то лучше исправьте этот заголовок так, чтобы было понятно и вам, и проверяющим.
- У меня получается, что за это задание - либо 2 балла (исправления обязательны), либо 5 (серьёзных исправлений не требуется или все исправлено). Такое задание. Надежда на то, что в душе вы осознаете масштабы: от одного гена на геном до 20 тысяч, от 6 тыс пар нуклеотидов до нескольких миллиардов.