2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Практикум 10. Белок «сам с собой»: гидрофобные взаимодействия, водородные связи, солевые мостики. Подсказки
К заданию №5
Показывать начало и конец длинного белка наглядно можно с помощью использования перехода цветов. Основное условие тут - должно быть сразу понятно при сравнении двух цветов или оттенков цвета, какой из них следует за другим. Предположим, Ваш белок состоит из трех альфа-спиралей; тогда, если покрасить часть белка содержащую первую спираль красным, содержащую вторую - оранжевым и содержащую третью желтым цветом, то по такой окраске будет сразу визуально ясно, какая следует за какой (что не освобождает от необходимости сделать такое пояснение в подписи).
Если переходы спектра Вам не нравятся, можно использовать переход от теплого цвета к холодному или наоборот через более светлые и темные оттенки.
Большими дополнительными баллами за это задание будут награждены те, кто сделает переход между цветами плавным, чего можно добиться разными способами. Я советую следующий: написать скрипт на языке Python, который на вход получает PDB-файл и код интересующей цепи, читает в нем отвечающий вторичной структуре раздел и печатает скрипт Jmol, красящий в цвета спектра (или другим удобным способом) этот белок.
За хранение информации о спиралях и листах отвечают разделы, начинающиеся со слов HELIX и SHEET. Подробное описание формата PDB можно найти в этом руководстве, а на стр. 156-160 описаны эти два раздела. Для каждого указано, в каких позициях строки находится информация о начальном и конечном остатках элемента вторичной структуры.
- Ключевые цвета спектра имеют следующие координаты в RGB:
- Красный (255,0,0)
- Желтый (255,255,0)
- Зеленый (0,255,0)
- Голубой (0,255,255)
- Синий (0,0,255)
- Фиолетовый (255,0,255)
- Чтобы получить плавный переход от красного к желтому, надо постепенно увеличивать вторую координату (долю зеленого) от 0 до 255. Чтобы перейти от желтого к зеленому - нужно уменьшать первую координату (красную) от 255 до 0 и т.д.
К заданию №3
Для обнаружения солевых мостиков следует использовать команду select within. Задайте себе два вопроса: 1) между какими остатками и какими конкретно группами этих остатков может образовываться солевой мостик? и 2) какой порог расстояния между взаимодействующими атомами для солевого мостика?