Kodomo

User

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2013

Семестр II. Последовательности белков

Расписание

Результаты (Только для студентов этого года и преподавателей!)

Блок 1: Операционная система linux

1. bash - интерпретатор командной строки

11 февраля А.Алексеевский, С. Митрофанов, Д.Диброва, С. Спирин

[лекция] [задания] [подсказки] [справка по linux на kodomo] [учебник по linux для начинающих (рус.)]

(для просмотра учебника кодировку Кириллица KOI8-R выставляйте вручную)

Регулярные выражения для grep (дополнено 17 марта)

Правила зачёта


New. 25 апр 2014

Задания контрольных работ

[cw-1] [cw-2] [cw-3]

Для зачёта блока (тем, кто его еще не получил) следует выполнить по варианту зданий этих контрольных, и предъявить преподавателю лично файлы с протоколами и списком команд (history). Будут вопросы в рамках заданий контрольных.


Блок 2: Пространственные структуры белков. Визуализатор Jmol

Что требуется к зачету по блоку

[6.05.2014] [ДД] Все выложенные работы проверены, см. табличку с результатами семестра. Исправления и новые работы проверяются после письма проверяющему преподавателю (как обычно)

2. Jmol - программа для просмотра трехмерных структур

18 февраля Д.Диброва, А.Алексеевский

[лекция] [задания] [Таблица идентификаторов PDB] [Подсказки по Jmol] [Условия контрольной №2 (на следующее занятие)]

3. Белок «сам с собой»: гидрофобные взаимодействия, водородные связи, солевые мостики

25 февраля Д.Диброва, А.Алексеевский

[лекция] [задания] [подсказки] [Jmol скрипт atom-types.spt] [Условия контрольной №3 (на следующее занятие)]

4. Белок и «лиганд»: с чем, как и зачем может взаимодействовать белок

4 марта. Д.Диброва, А.Алексеевский

[лекция] [задания]

5. Совмещение структур белков

11 марта. А.Алексеевский, Д.Диброва

[лекция] [задания]

Блок 3: Поисковые системы и базы данных

6. PubMed

18 марта. Е.Аксянов, А.Алексеевский, Д.Диброва

Практикум начнется с контрольной по linux

[что будет в контрольной] [задания]

7. Uniprot

25 марта А.Алексеевский, Д.Диброва

[презентация] [задания] [подсказки]

8. Uniprot. Поиск по аннотации

1 апреля А.Алексеевский, Д.Диброва

[что будет в миниконтрольной] [задания] [подсказки]

Блок 4: Выравнивание

9. Выравнивание и гомология

8 апреля Е.Аксянов, А.Алексеевский, Д.Диброва

[задания] [подсказки] [презентация]

10. Предсказание парных выравниваний

15 апреля Е.Аксянов, А.Алексеевский, Д.Диброва

[задания]

11. BLAST

22 апреля Е.Аксянов, А.Алексеевский, Д.Диброва

[задания] [BLAST: result page help (NCBI)] [BLAST glassary] [Score, bit score, E-value]

[презентация-1]

12. BLAST и PSI-BLAST

29 апреля

Контрольная по карте локального сходства. [пример карты]

Прошу всех прийти. ААл

[задания] [указания] [презентация]

13. Множественные выравнивания. Pfam

6 мая Е.Аксянов, А.Алексеевский

[задания] [презентация]

14. Мотивы. MEME. Prosite

13 мая Е.Аксянов, А.Алексеевский

[задания]