Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2013

Семестры Студенты Преподаватели

• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017
• 2016

• ...

Задания

ААл

Проверяются файлы <фамилия>_pr1 и <фамилия>_genes в директории term2/block1/credits

1. Вызовите окно с командной строкой kodomo с помощью клиента (программы) Putty

В окне Putty проверьте, что выбран протокол ssh. Укажите в Host name адрес kodomo.fbb.msu.ru, в Saved session - kodomo. Cохраните Save Session на будущее. Open и входите в свой эккаунт на kodomo.

2. Создайте директории term2, term2/block1/, term2/block1/pr1; перейдите в term2/block1/pr1

Сначала осмотритесь. Команда pwd покажет вам в какой вы директории. Команда ls покажет список файлов и поддиректорий в этой директории.

Используйте команды mkdir и cd. Например, так.

• mkdir term2 (в текущей директории создается поддиректория term2)

• ls (чтобы проверить что получилось)

• cd term2 (перейти в term2; другими словами, сделать term2 текущей директорией; текущую директорию называют также рабочей)

• pwd (проверить, что получилось)

• mkdir block1 и т.д.

3. Создайте директорию term2/block1/credits

Если вы поступали как описано в задании 2, то ваша текущая директория term2/block1/pr1. Проверьте!

Значит, надо выполнить команду mkdir credits, но как-то указать, что credits должна быть поддиректорией block1, а не pr1. Есть несколько вариантов как это указать.

Вариант 1.

• cd .. (перейти в вышележащую директорию, т.е. block1)

• mkdir credits, проверить что получилось и вернуться в директорию pr1

Вариант 2.

• mkdir ../cderits (т.к. ".." - директория block1, то будет создана нужная/ директория)

• ls .. (прежде чем исполнять, угадайте какой будет ответ!)

Вариант 3. Указать абсолютный адрес

• pwd (получить на мониторе абсолютный адрес директории pr1)

• Скопировать нужную часть абсолютного адреса (без pr1). Для этого выделить мышкой, правая кнопка, Copy.

• Написать mkdir, пробел, вставка (правая кнопка, Paste), дописать сredits. Должна получиться такая строка:

  • mkdir /home/students/y13/<пользовательское имя>/term2/block1/credits

• Выполнить, проверить, что получилось.

Вариант 3a.

• Написать абсолютный адрес. Для того, чтобы не ошибиться, в linux есть удобная подсказка.

Пишите mkdir /h и нажмите клавишу Tab (табулятор), появится mkdir /home/; допишите s, нажмите Tab и появится текст; допишите y, нажмите Tab и ... ничего не произойдет; нажмите Tab еще раз и поймете в чем дело; и так далее.

Вариант 4.

• Написать адрес, начиная со своей корневой директории "~".

4. В директории pr1 cоздайте файл <фамилия>_pr1 и запишите в него две строки

1я строка: "Абсолютный путь к директории pr1"

Если русскими буквами не получается, то пишите латинскими. Спросите преподавателя как настроить русскую кодировку в Putty

Используйте команду echo <строка>. Когда освоитесь с ней - перенаправьте ее выход в файл оператором ">": echo <строка> > <имя файла>

2я строка: сам путь.

Используйте оператор ">>" для дописывания в конец файла

Проверьте содержимое файла командой less <имя файла>. Выход "q". Проверьте, появилось ли приглашение командной строки bash - "....$ "

5. Скопируйте файл <фамилия>_pr1 в директорию credits

Команда cp <файл> <имя копии файла>. Надо правильно написать путь к файлу.

Проверьте, что получилось (команды ls и less).

Если получилось, то удалите файл <фамилия>_pr1 в директории pr1. Команда rm <фамилия>_pr1. Будьте внимательны: команды linux исполняются, не спрашивая пользователя точно ли он хочет выполнить именно эту команду?

6. Сохраните все строчки с квалификатором gene из записи генома в формате .gbk

Результат должен быть сохранен в файле <фамилия>_genes в директории credits.

Используйте команду grep. Следите, чтобы в ответе не оказались посторонние строчки со словом gene!

7. Добавьте в файл <фамилия>_pr1 в директории credits список всех выполненных команд

Команда history выдает историю ваших команд на монитор. Если написать history 30, то будут выданы 30 последних команд. Используйте оператор ">>" для перенаправления выдачи в конец файла.

Для штатного выходы из linux выполните команду `exit`