2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
2016
PubMed
Результат (протокол со ссылками) должен быть представлен на сайте до 25 марта. ААл
Когда работа готова или внесены исправления - ЗАПИСЫВАЙТЕСЬ В ОЧЕРЕДЬ. Состояние очереди можно посмотреть тут.
1. Получите Нобелевскую премию :-). Список премий - кому какая досталась - приведен в таблице. Опишите в протоколе кому, когда и за что ее дали (один абзац, который надо сочинить самостоятельно, а не перевести или переписать откуда-то).
Полезно ориентироваться на следующий список вопросов (это ориентировочный список, а не обязательный):
- С каким объектом работали исследователи? (мышка, клетка, белок, ткань и пр.)
- Какой основной вывод работы? (открыт белок, который нужен для того-то; разработан метод, который позволяет то-то; открыт такой-то физиологический эффект такого-то вещества; и пр.)
- Какие предыдущие теории или гипотезы были опровергнуты, а какие получили подтверждение?
- Как используются результаты работы?
- Какой экспериментальный метод они применили?
Обратите внимание - скопировать чужой текст (даже хороший и правильный) - нельзя. Вы ведь сдаете вашу собственную работу, а, значит, и написать ее надо самостоятельно.
Полезно прочитать Press Release и Advanced Information (если есть) и Nobel lecture.
При выполнении этого задания важно понимать, что в научной и учебной деятельности мы можем опираться только на авторитетные источники информации. Нельзя найти в Интернете какой попало текст, написанный, например, журналистами, и считать, что вы нашли требуемую информацию. Работы со ссылками на неавторитетные источники (в том числе на Википедию) приниматься не будут.
Авторитетными источниками для нас являются публикации в научных журналах, записи в научных базах данных, в редких случаях - публикации на сайтах, которые можно почему-то признать авторитетными. Сайт нобелевского комитета - как раз такой.
Рекомендуется завершить это задание после выполнения остальных.
2. Опишите в протоколе запись MEDLINE с оригинальной статьёй, за которую выдана премия. Если таких статей несколько - то выберите на одну из них.
Сохраните в протоколе все использованные запросы. Как PubMed понял ваш запрос можно посмотреть в разделе Search details. Для выбранной статьи приведите: литературную ссылку (Display settings => Summary (text)); гиперссылку с нее на полную запись MEDLINE в виде текстового файла (Display settings => MEDLINE); сколько публикаций ссылаются на статью ("Cited in ..."); сколько статей по близкой тематике находит PubMed ("Related citation ...", используйте ссылку "see all"), сколько среди них обзоров ("Review") и сколько статей в открытом доступе ("Free ...").
Чтобы найти статью полезно прочитать Press Release и Advanced Information (если есть) и Nobel lecture - там бывает ссылка на статью или в крайнем случае - фамилия автора и год издания. По этой информации PubMed легко все найдет. Обычно, если название статьи вам известно, то достаточно скопировать его в строку запроса.
PubMed понимает собственный язык запросов, примерно такой: (Pupkin [Author]) AND (tissue [Title]). В разделе Search details можно всегда увидеть, как PubMed понял ваш запрос.
Также полезные поля Publication Date и UID (он же pmid) - уникальный идентификатор в PubMed. Полный список полей, а также допустимые сокращения ([au]=[Author] и т.п.) приведены по ссылке Help в разделе Search Field Descriptions and Tags.
Чтобы получить запись MEDLINE воспользуйтесь ссылкой Display settings -> MEDLINE.
3. Продолжал ли автор заниматься данной темой? Создайте публичную коллекцию, содержащую экспериментальные статьи одного из доставшихся вам лауреатов за два с половиной года до вручения премии. Напишите запрос самостоятельно (допускается использование Advanced search). Ссылку на коллекцию внесите в протокол. Сохраните в протоколе запрос (из Search details). Напишите, считаете ли вы, судя по названиям статей, что что лауреат занимался той же тематикой, за которую получил премию.
Обратите внимание, что автор мог уже исследованиями не заниматься, а писать обзоры. Чтобы отфильтровать именно оригинальные исследования укажите, что поле Publication type не должно содержать значение "review".
Для того, чтобы создать коллекцию надо зарегистрироваться на сайте NCBI. После того, как вы осуществите поиск, надо отметить в результатах поиска нужные статьи и нажать Send to -> Collections.
Прочитайте ниже, как правильно сделать коллекцию доступной (public).
Обратите внимание, что поиск может дать более одной страницы ссылок.
Обратите внимание, что не все статьи, которые окажутся в результатах поиска, есть именно то, что вы искали (также как при обычном поиске в Гугле всегда могут быть "лишние" находки). Так что над каждой ссылкой надо подумать. Хорошим показателем того, что эта статья именно того автора, работы которого вы ищите (а не, например, однофамильца), является приблизительное совпадение темы работы и его affiliation (институт/университет, где работает автор - в PubMed эта информация доступна по ссылке "Author information".
4. Создайте публичную коллекцию из 5-10 работ по данной теме НЕ лауреатов нобелевской премии. Для этого проведите поиск статей, относящихся к теме той премии, которая вам досталась. Ключевые слова придумайте сами. Используйте три возможности: а) поиск по ключевым словам; б) Related citations (используйте ссылку "see all"); в) Cited by ... (если есть). В протоколе отразите запросы (для а) ) и число находок по каждому запросу и пунктам б), в).
ВНИМАНИЕ!!
Распространенная ошибка касается ссылок на коллекцию. Ссылка на коллекцию, доступная мне, выглядит примерно так:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/myncbi/collections/public/1BWH9eipvPiNY-g2yUjGxvR5B/
Многие копируют ссылку из адресной строки браузера, получая нечто типа
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=pubmed&cmd=historysearch&querykey=1
С точки зрения PubMed по первой (правильной) ссылке с вашего компьютера выполняется запрос, результат которого вы видите. Вторая ссылка - означает, что PubMed выдаст результат одного из ваших предыдущих запросов. А если по второй ссылке перехожу я, то я вижу результат одного из моих запросов, а не вашего.
Чтобы получить правильную ссылку, надо присвоить коллекции статус public. Для этого войдите в свой личный кабинет на сайте (ссылка My NCBI), найдите там созданную коллекцию и нажмите на ссылку Private. Вам будет предложено изменить статус коллекции на Public. После сохранения изменений PubMed выдает "The public URL for your collection is ..." - и вот оттуда надо скопировать ссылку.
Как будет оцениваться
Проверять буду ваш протокол и созданные коллекции. Протокол должен содержать связный текст, описывающий ваши действия и их результаты. Напишите текст, понятный читателю. Например, если в задании 4 привести просто ссылку без какого-либо пояснительного текста, то такой "протокол" будет трудно понять - мне надо будет открыть текст задания, вспомнить, что же там требуется. Да и сами вы скоро забудете, что делали, и не сможете пояснить даже самим себе, что означает эта ссылка. Такой протокол имеет мало смысла.
Оценки выставляются так:
- 3 = удовлетворительно, т.е. у меня нет ни претензий к вашей работе, ни восхищения ею.
- 4 = хорошо, лучше, чем 3.
- 5 = отлично, то есть мне ваша работа очень понравилась.
Есть 2 вида штрафов: 1. Штраф за опоздание. Сдавшие работу до 25 марта (включительно) не штрафуются. Первые 20 человек, кто получит зачет по этому практикуму, также не штрафуются. Следующие 10 получают минус 0.5 балла, следующие 5 - минус 1 балл, следующие 5 - минус 1.5 балла и так далее.
Работы и исправления проверяются в порядке поступления. Как сделаете или переделаете - ЗАПИСЫВАЙТЕСЬ В ОЧЕРЕДЬ. Состояние очереди можно посмотреть тут.
2. Штраф за упорство в неправильном выполнении работы. Первые две попытки не штрафуются. Если зачет получен с 3й попытки - минус 0.5 балла. Если с 4, 5, 6, ... - соответственно минус 1, минус 2, минус 3, ... .
В принципе, можно получить зачет с отрицательными баллами.
После окончания семестра положительные баллы в рейтинг уже не проставляются, отрицательных проставляется столько, сколько успели собрать к концу семестра.