2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Картирование на референсный геном
Работа с результатами секвенирования требует много дискового пространства, которого в ваших домашних директориях недостаточно. Для выполнения заданий этого блока заведена специальная директория /P/y13/ngs на kodomo. Все большие файлы держите в своей поддиректории этой директории. После получения окончательных результатов обязательно перемещайте файлы с результатами в свою домашнюю директорию (на диск H). Директория /P/y13/ngs будет уничтожена вместе со всем содержимым 31 декабря 2014 г.
Через неделю выложите отчёт на сайте и пришлите ссылку для проверки.
1. Картирование на хлоропласт и митохондрию
1. Скачайте геномы хлоропласта и митохондрии резуховидки. Положите их в один фаста-файл.
2. Откартируйте на эти геномы очищенные чтения из предыдущего задания программой BWA. Укажите в отчете, какие команды вы использовали и почему именно такие.
Указание. Программа BWA стоит на kodomo. Чтобы правильно запустить ее, изучите руководство.
Для интересующихся: программа BWA использует преобразование Барроуза — Уилера, про которое можно почитать, например, здесь.
3. С помощью программы samtools выясните, сколько чтений откартировалось на каждую органеллу.
Указание. Программа samtools также стоит на kodomo. Чтобы правильно запустить ее, изучите руководство. В данном случае поможет подпрограмма "samtools idxstats".
4. Выясните среднее покрытие для каждой из органелл.
Указание. Поможет подпрограмма "samtools depth", которая вычислит покрытие для каждого из нуклеотидов. Для подсказки запустите эту подпрограмму без параметров.