2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Задание
1.(1 балл) Напишите программу, которая читает файл в формате FASTA (имя файла может быть задано переменной в первых строках программы). Файл должен содержать нуклеотидные последовательности. Программа должна вычислить для них комплементарные и напечатать в другой файл в формате FASTA.
2.(1 балл) Скрипт получает на вход два файла. В одном ids.txt друг под другом указаны id-шники SwissProt белков, а во втором находится фрагмент банка SwissProt (6MB) в формате Stockholm. Нужно выбрать из файла с банком SwissProt последовательности для id-шников, которые перечислены в первом файле, и напечатать файл в fasta-формате
3. (2 балла) Дано множественное выравнивание в формате fasta. Написать скрипт, который принимает 2 аргумента 1) имя файла с выравниванием 2) имя последовательности. Скрипт выводит все позиции, отличающиеся у заданной последовательности от остальных в виде таблички.
позиция ак_в_заданной_последовательности ак_в_остальных_последовательностях
10 A V
11 G K,R
....
4. (1 балл) Программа с использованием Biopython, которая делает что-нибудь полезное для вашей курсовой работы и др.
Примеры множественных выравниваний в формате ClustAl (Берете файлы с расширением .clustalw)