Kodomo

User

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2013

Семестр IV. Эволюция белков

Расписание

Результаты

Очередь на проверку

Состояние очереди

Задание пр. 10 выполнено плохо всеми, у кого проверено на 22 мая((( Балл 4 значит что технически вы в состоянии запустить программы и зачёт, не более того; он завышен; добавлю еще штрафы у всех с неправдоподобным ответом. Что надо было сообразить/прочитать:

  1. какой длины мотив Ш.-Д.
  2. на каком расстоянии от старта трансляции
  3. у какого процента генов можно ожидать наличие его

Все эти условия надо было учитывать при выборе параметров. Более того, надо было учитывать, что Ш.-Д. - не самый сильный сигнал, т.к. он короткий. Поэтому, возможно, надо было брать не самый лучший сигнал; пробовать разные и смотреть правдоподобно ли число находок и их расстояние от старта трансляции. E-value находок тоже может быть не самым низким опять же из-за того, что сигнал слабый (вычислите информационное соденржание и увидите!). Совсем по хорошему, стоило сделать итерацию, отобрав наиболее правдоподобные находки.

Следовало описать результат в отчете; ссылка на выдачу программы неудовлетворительна! В том числе, привести выравнивание в отдельном файле, включая фланки. По нему можно было бы как-то содержательно проверить ваш ответ.

Блок 1: молекулярная филогения

1. Что такое филогенетическое дерево

13 февраля 2015, Д.Диброва, С.Спирин

[ задания ] [ презентация Д.Д. ] [ презентация C.C. ]

2. Реконструкция филогении

20 февраля 2015, Д.Диброва, С.Спирин

[ задания ] [ презентация ]

3. Укоренение и бутстрэп

27 февраля 2015, Д.Диброва, С.Спирин

[ задания ] [ презентация Д.Д. ] [ презентация C.С. ]

4. Реконструкция филогении по нуклеотидным последовательностям. Паралоги.

6 марта 2015, Д.Диброва, С.Спирин

[ задания ]

Блок 2: функциональные классы белков

К контрольной 20 марта (и к коллоквиуму) вы должны уметь узнавать по химической формуле следующие вещества, знать, для чего они используются ферментами и знать их полные названия:

АТФ, АДФ, АМФ, цАМФ, НАД/НАДН, НАДФ/НАДФН, ФАД, ФМН, хиноны/хинолы (класс соединений), КоА, биотин, тиаминдифосфат, гем (класс соединений).

Также нужно уметь узнавать:

Пожалуйста, не забывайте записываться в очередь на проверку!

5. Ферменты и метаболические пути. База данных KEGG.

13 марта 2015, Д.Диброва, С.Спирин

[ задания ] [ презентация ]

6. Геномное окружение. База данных STRING

20 марта 2015, Д.Диброва, С.Спирин

[ задания ] [ презентация ]

7. Мембранные белки

27 марта 2015, Д.Диброва, С.Спирин

[29.03.2015, 0:55] Коллеги, внимание! Я вроде бы проверила, что со с белками все в порядке, и также заменила у нескольких из вас PDB-код, облегчая задачу (у некоторых, к сожалению, она оказалась заведомо труднее, чем у остальных: им был выдан сложный белковый комплекс). Пожалуйста, проверьте файл заново! Те, у кого задание изменено, помечены зеленым. P.S. Обратите внимание: если вашего белка нет в БД OPM, воспользуйтесь сервером предсказания (пункт PPM Server меню на главной странице, сверху).

[ задания ] [ презентация ] [ список выданных белков ]

8. Коллоквиум

3 апр 2015, Д.Диброва, С.Спирин, А.Алексеевский, Б.Нагаев

Блок 3: Сигналы

9. Поиск сигналов. Теория

10 апр 2015, А.Алексеевский

[ задания ] [ презентация ]

[ презентация Равчеева ]

комментарии на будущее

10. Поиск сигналов.

17 апр 2015, А.Алексеевский

[ задания ] [ презентация ]

Зачёт:

  1. Пр.9 - 1 (мотивы сайтов связывания пуринового репрессора)
  2. Пр. 9 - 2(описание сервиса или базы данных)
  3. Пр. 10 - 1 (поиск сайтов Шайн - Дальгарно в геноме бактерии)
  4. Вычисление информационного содержания выравнивания (контрольная или соответствующее задание коллоквиума)

Блок 4: Эволюционные домены

11. Восстановление предкового состояния доменной архитектуры

24 апр 2015, А.Алексеевский

[ задания ] [ указания ] [ скрипты ] [ презентация ]

[ ответы на вопросы ]

12. Профиль семейства последовательностей белков

8 мая 2015, А.В. Алексеевский

[ презентация]

13. Коллоквиум по сигналам и эволюционным доменам

15 мая 2015

[ вопросы к коллоквиуму ]

Зачёт:

  1. Пр. 11 - часть 1 и часть 2 плюс устное обоснование эволюции доменной архитектуры
  2. Интерпретация поиска по профилю на множестве с известным ответом: ROC-кривая, 2x2, чувствительность и специфичность. Либо часть 3 пр.11, либо соответствующее задание коллоквиума.
  3. Теория (билет с двумя вопросами)