Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2013

Цель проекта: реконструировать эволюцию доменной архитектуры белков, содержащих один и тот же домен Pfam

Домены как единицы непрерывной эволюции белков

Изменения последовательности белка в эволюции можно разделить на локальные - замены аминокислотных остатков, небольшие вставки и делеции, - и глобальные - делеции крупных участков, слияние двух последовательностей в одну (например, путем потери стоп-кодона между последовательными генами из оджного оперона бактерии), длинная вставка из последовательности другого белка (путем рекомбинации своей ДНК), появление паралогичной последовательности (путем дупликации гена), появление белка из другого организма (путем горизонтального переноса).

Глобальные изменения происходят в результате одного акта: у предка было так, а у прямого потомка - крупное изменение.

Глобальное изменение последовательности белка имеет гораздо меньше шансов закрепиться у потомков.

Под непрерывной эволюцией будем понимать эволюцию белка, происходящую в силу локальных изменений аминокислотной последовательности от поколения к поколению и последующего отбора.

Эволюционные домены – это единицы непрерывной эволюции белков.

От существовавшей в далеком туманном прошлом предковой последовательности всех существующих последовательностей одного домена до наших дней в домене не было глобальных перестроек, только локальные изменения (по определению).

Поэтому молекулярная филогения позволяет (до некоторой степени) восстановить непрерывную эволюцию домена.

Домены эволюционируют в составе белков. Белок может быть однодоменным или содержать несколько доменов, иногда много. Из-за глобального изменения доменная архитектура белка-потомка может измениться по сравнению с предком.

Наша цель – реконструировать эволюцию доменной архитектуры выбранного домена