2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Задание 1
Составьте профиль (PWM) для последовательности Шайн-Дальгарно в геноме бактерии, данном вам в первом семестре и составьте список всех кодирующих последовательностей, перед которыми есть Шайн-Дальгарно.
Путь 1.
- Работайте с одной хромосомой даже если их две в геноме.
- Определитесь с областью поиска сигнала.
- По хромосомной таблице найдите координаты области поиска перед кодирующей последовательностью.
- Создайте fasta файл с нужными последовательностями с помощью seqret (kodomo, пакет EMBOSS).
- Составьте выборку надежных генов (может, и все можно взять; попробуйте).
- Используйте MEME для нахождения ШД и создания PWM. Запустите MAST – поиск по PWM – по всем последовательностям.
- На kodomo установлены программы MEME и MAST в составе пакета EMBOSS. Они называются ememe и emast. Удобнее использовать их.