2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Занятие 6
Если в БД STRING не находится удовлетворительного гомолога вашего белка, или никакой полезной информации о его связях вы не обнаруживаете, пишите ДД для замены белка. Пожалуйста, указывайте на своей странице в результате, с каким белком вы работаете.
Отчёт по заданию должен быть выложен на сайт, со ссылкой со страницы семестра, к утру 27 марта 2015.
Цель задания: Описать ту информацию, которую БД STRING может дать относительно вашего белка (вы работаете со "своим" белком с I курса).
Внимание: ниже будет предложен примерный план, некоторые части которого могут быть неприменимы к вашему случаю. Мы просим вас не относиться к этому заданию формально. Обязательной частью задания является содержательный текст, описывающий то, что вы увидели: просто вставить скриншоты из STRING с одним комментирующим предложением нельзя.
Также, пожалуйста, соблюдайте минимальные правила оформления текстового отчета: рисунки должны быть подписаны, к ним должны быть отсылки из текста (не "на рисунке внизу", а "на рисунке 1"), все английские названия должны быть переведены на русский язык и т.п.
Что выносится на отчетную страницу (Результаты)
Изображение "графа взаимодействий" вашего белка и других белков в режиме evidence.
Покажите на графе узлы, связанные с вашим белком, на первом уровне близости; чтобы получить его, снижайте постепенно кнопкой less количество показываемых белков, пока весь граф не схлопнется в один белок – ваш. Уровень до этого и есть первый уровень близости.
- В подписи к рисунку обозначьте, какими цветами показан какой тип взаимодействия (цвета ребер) и как называется каждый белок (цвета вершин).
- Если названия этих белков не являются вариацией на тему "hypothetical protein with unknown function", то в сопроводительном тексте опишите кратко, в чем состоит функция найденных белков и вашего белка (очень уместно воспользоваться БД KEGG)
Изображение "геномного окружения" (genome neighborhood) для вашего белка.
- Требуется два рисунка: первый вы вставляете на свою страничку, на нем покажите дерево организмов с точностью до филума (первого деления после собственно домена), на второй вы вставляете ссылку, поскольку он будет большим: на нем покажите полностью раскрытое дерево.
- В подписи к рисунку укажите, каким цветом обозначен какой белок, с названиями по-русски (скриншот из STRING с кружочками и подписями не считается).
График "совместной встречаемости" (co-occurrence) для вашего белка.
- Требуется рисунок, на котором дерево организмов показано с точностью до филума (первого деления после собственно домена).
- В подписи к рисунку поясните, что отображают цветные квадраты.
Как описать полученные результаты (Обсуждение)
Сделайте выводы из полученных данных (можно в свободной форме, можно воспользоваться предложенным ниже планом):
- Имелся ли Ваш белок в БД STRING или пришлось выбрать близкий ему гомолог из другого организма? Если второе – то какова величина e-value для этого гомолога? Достаточно ли этого, с Вашей точки зрения, чтобы утверждать, что белок из БД является "тем же самым" белком, что и ваш?
- Исходя из найденных вами описаний белков, входят ли белки, обнаруженные с помощью БД STRING, в известный белковый комплекс? Являются ли они белками, которые катализируют в каком-то метаболическом пути последовательно идущие реакции? Есть ли среди них белки-регуляторы (транскрипционные факторы, киназы/фосфатазы)?
- Встречаются ли какие-то из найденных белков рядом в геномах? Если да, то в каких таксонах? Оцените, насколько широко распространены такие потенциальные опероны (сошлитесь на картинку с развернутым деревом): встречаются почти у всех организмов, встречаются внутри конкретных таксонов, в которых встречаются эти белки вообще, встречаются только у некоторых отдельных видов…
- Есть ли случаи сшивок каких-то белков с вашим? Какие это белки? Что это, с вашей точки зрения, может означать?
- Есть ли белки, которые показывают паттерн совместной встречаемости с вашим белком? Какие это белки? Что это, с вашей точки зрения, может означать?
Советы по работе со STRING и получению картинок
Граф взаимодействий:
Узлы графа можно перемещать мышкой, если включен режим interactive (внизу, под картинкой): схватитесь за любой узел и потащите.
Сохраняйте граф взаимодействия НЕ скриншотом! Выберите режим advanced (внизу, под картинкой) – появится строка меню, выберите в ней пункт Save -> Image (High Res)
Геномное окружение:
Чтобы сохранить картинку геномного окружения, можно щелкнуть на ней правой кнопкой и выбрать пункт Сохранить картинку как…
Чтобы получить первый после доменов уровень таксономии на дереве, выберите внизу команду Collapse all, а потом раскройте узел cellular organisms и узлы доменов.
Чтобы получить полностью раскрытое дерево, выберите команду Expand all внизу.
Совместная встречаемость:
- Чтобы посмотреть выравнивание и информацию о bit-score, щелкните по квадратику.
- Я не смогла найти, как нормально сохранить рисунок – поскольку он на самом деле представляет собой много отдельных рисунков =( Поэтому сохраняйте его как скриншот.