2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017Результаты - на сайте; там где надо - как ссылки на файлы.
1. Поиск регуляторных мотивов транскрипции в бактериальных последовательностях
Автор Д.А.Равчеев
В первом задании Вам необходимо найти регуляторный мотив (набор сайтов) в полученных последовательностях с помощью программы MEME.
Исходные данные
Набор промоторных областей генов E.coli в файле MEME<номер>.txt, номер вашего варианта совпадает с вашим номером в списке студентов на сайте
- Список экспериментально установленных сайтов связывания белка PurR - приведен в задании.
11 апреля. Прослушал интервью Эстер Войжицки (Esther Wojcicki см. wiki) о том, к чему стремиться в образовании. Интервью подтолкнуло меня поскорее уточнить задание 2, что я и так собирался сделать.
Задание 2 можно выполнять небольшой командой - вдвоем или втроем.
Чтобы не было искушения присоединится к уже почти сделанной работе, прошу сообщить о составе команды до 15 апр. вкл.
Технически, может быть один текст (включающий список авторов, конечно) со ссылками со страниц всех авторов.
2. Выберите один из сервисов/баз данных из списка и коротко опишите его возможности
Не забудьте найти и посмотреть публикации!
- Придумайте задание для сервиса (или задачу для БД) и выполните его. Не запрещено взять пример, предлагаемый сервисом.
- Если сервис включает много программ, то можно ограничиться одной-двумя
После проверки и исправления ошибок предполагается открыть ваше описание на kodomo wiki. Для этого создан раздел "Поиск сигналов"
EDP и EDPnew – эукариотические подтвержденные промоторы
PePPER – прокариотические промоторы
WebGeSTer – поиск Rho-независимых терминаторов прокариот
FindTerm – поиск Rho-независимых терминаторов прокариот
- rVISTA - поиск регуляторных элементов в геноме человека
- Transfac - база данных транскрипционных факторов
Gibbs Motif Sampler (http://ccmbweb.ccv.brown.edu/gibbs/gibbs.html)
RegPrecise – коллекция транскрипционных факторов, сайтов и регулонов прокариот
RegPredict – сервисы для поиска (регуляторных) сигналов в геномах прокариот
- MEME - обзор сервисов.
EcoCyc - ...
- Protisa - БД прокариотических сайтов посадки рибосомы (проверьте, что сайт доступен! Я не каждый раз смог зайти((( )
- ... (найдите что-нибудь интересное на эту тему)
Дополнительные задания
Выполнение не обязательно для зачёта блока.